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- PDB-6xux: Crystal structure of Megabody Mb-Nb207-cYgjK_NO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xux
タイトルCrystal structure of Megabody Mb-Nb207-cYgjK_NO
要素Nanobody,Glucosidase YgjK,Glucosidase YgjK,Nanobody
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Megabody / Scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosidase complex / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / : / glucosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / DNA damage response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glucosidase YgjK, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 37 / Trehalase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.90000643078 Å
データ登録者Steyaert, J. / Uchanski, T. / Fischer, B.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021
タイトル: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM.
著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre ...著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre Wohlkönig / Thomas Zögg / Han Remaut / James H Naismith / Hugues Nury / Wim Vranken / A Radu Aricescu / Els Pardon / Jan Steyaert /
要旨: Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their ...Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their conformational heterogeneity and stabilize multi-protein complexes. Here we demonstrate that engineered nanobodies can also help overcome two major obstacles that limit the resolution of single-particle cryo-electron microscopy reconstructions: particle size and preferential orientation at the water-air interfaces. We have developed and characterized constructs, termed megabodies, by grafting nanobodies onto selected protein scaffolds to increase their molecular weight while retaining the full antigen-binding specificity and affinity. We show that the megabody design principles are applicable to different scaffold proteins and recognition domains of compatible geometries and are amenable for efficient selection from yeast display libraries. Moreover, we demonstrate that megabodies can be used to obtain three-dimensional reconstructions for membrane proteins that suffer from severe preferential orientation or are otherwise too small to allow accurate particle alignment.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody,Glucosidase YgjK,Glucosidase YgjK,Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6592
ポリマ－101,6191
非ポリマー401
水11,710650
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.450, 84.460, 140.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 Nanobody,Glucosidase YgjK,Glucosidase YgjK,Nanobody


分子量: 101619.000 Da / 分子数: 1 / 断片: beta-strand A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ygjK, b3080, JW3051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42592, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 7.5, 20% PEG 8000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.15 Å / Num. obs: 63885 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.999 % / Biso Wilson estimate: 21.2241179387 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.999 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 6311 / CC1/2: 0.869 / Rrim(I) all: 0.331 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W7S

3w7s


解像度: 1.90000643078→42.1397385191 Å / SU ML: 0.194259667698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34351852722 / 位相誤差: 25.5416642491
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.230225500153 3097 4.85058263376 %0.05
Rwork0.18882155178 ---
obs0.190855923642 63848 99.9076783451 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.5806085483 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.90000643078→42.1397385191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7001 0 1 652 7654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01375384830067214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.487468431759808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1143876296341021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007729567322881284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.86240240664233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.90000643078-1.92970.2815072031471330.2575910322522739X-RAY DIFFRACTION99.7568600208
1.9297-1.96130.3041525257871400.2450379092572676X-RAY DIFFRACTION99.8581560284
1.9613-1.99520.3201749393731430.2357143442892748X-RAY DIFFRACTION100
1.9952-2.03140.2796314117921380.2349124979582724X-RAY DIFFRACTION99.8952879581
2.0314-2.07050.2500192950471300.2245675981482729X-RAY DIFFRACTION99.8602864129
2.0705-2.11280.2797412197671170.2339779478972769X-RAY DIFFRACTION99.9307479224
2.1128-2.15870.2958165253851620.2334463360162700X-RAY DIFFRACTION99.8952879581
2.1587-2.20890.2731509523221290.2307512356922736X-RAY DIFFRACTION99.7910135841
2.2089-2.26420.2878762583421440.2237871847952734X-RAY DIFFRACTION99.8612074948
2.2642-2.32540.277382652661470.2187589329672735X-RAY DIFFRACTION99.9653139091
2.3254-2.39380.2910895464531390.2054590044912734X-RAY DIFFRACTION99.9652052888
2.3938-2.4710.2705211069531210.2045172729292758X-RAY DIFFRACTION99.9305796598
2.471-2.55930.2892206067911230.2112616269272780X-RAY DIFFRACTION100
2.5593-2.66180.2658780539391490.2064618376582721X-RAY DIFFRACTION99.8608211552
2.6618-2.78290.234805019081450.1996038833082765X-RAY DIFFRACTION99.9656475438
2.7829-2.92960.2629401796971600.1957315301942764X-RAY DIFFRACTION99.9316473001
2.9296-3.11310.2192374767961540.1916402570542728X-RAY DIFFRACTION99.8613998614
3.1131-3.35340.2241191881261390.177613910182786X-RAY DIFFRACTION99.9316706525
3.3534-3.69070.1953263253121560.156633464612780X-RAY DIFFRACTION99.9659516513
3.6907-4.22430.180614016281330.1442867740872842X-RAY DIFFRACTION99.9328182734
4.2243-5.32050.1642274549771490.1472087461552820X-RAY DIFFRACTION99.8990578735
5.3205-42.13973851910.1683864931251460.1662336245372983X-RAY DIFFRACTION99.9042145594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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