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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xvi | ||||||
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Title | Crystal structure of Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 | ||||||
![]() | Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Scaffold / Megabody | ||||||
Function / homology | SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Outer membrane protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Steyaert, J. / Uchanski, T. / Fischer, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM. Authors: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre ...Authors: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre Wohlkönig / Thomas Zögg / Han Remaut / James H Naismith / Hugues Nury / Wim Vranken / A Radu Aricescu / Els Pardon / Jan Steyaert / ![]() ![]() ![]() Abstract: Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their ...Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their conformational heterogeneity and stabilize multi-protein complexes. Here we demonstrate that engineered nanobodies can also help overcome two major obstacles that limit the resolution of single-particle cryo-electron microscopy reconstructions: particle size and preferential orientation at the water-air interfaces. We have developed and characterized constructs, termed megabodies, by grafting nanobodies onto selected protein scaffolds to increase their molecular weight while retaining the full antigen-binding specificity and affinity. We show that the megabody design principles are applicable to different scaffold proteins and recognition domains of compatible geometries and are amenable for efficient selection from yeast display libraries. Moreover, we demonstrate that megabodies can be used to obtain three-dimensional reconstructions for membrane proteins that suffer from severe preferential orientation or are otherwise too small to allow accurate particle alignment. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 483 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 79.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4542C ![]() 6qfaC ![]() 6xuxC ![]() 6xv8C ![]() 5lp2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 56219.723 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: hopQ, HPG27_1120, hopQ / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 is a chimeric protein with circular permutation of HopQ: Residues 1-12: ...Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 is a chimeric protein with circular permutation of HopQ: Residues 1-12: a part of a β-strand A of the Nanobody fold. Residue 13: one amino acid linker. Residues 14-232: C-terminal part of HopQ (residues 288-446, UniProtKB B5Z8H1). Residues 233-400: N-terminal part of HopQ (residues 53-220, UniProtKB B5Z8H1). Residue 401: one amino acid linker. Residues 402-511: a part of the Nanobody fold. Residues 512-517: the His6 tag. Residues 518-521: the EPEA tag. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BIS-Tris pH 5.0, 21% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96859 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59599994893→29.6203523595 Å / Num. obs: 62815 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 66.0814790783 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.75 Å / Redundancy: 2.76 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 7514 / CC1/2: 0.616 / Rrim(I) all: 0.787 / % possible all: 70.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5LP2 Resolution: 2.59599994893→29.6203523595 Å / SU ML: 0.390138560687 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3575303206 / Phase error: 29.3401524681
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.0978353974 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59599994893→29.6203523595 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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