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- PDB-6xul: Apo Ab 5b1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xul
タイトルApo Ab 5b1
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Pancreatic cancer / CA19-9 binder / Diagnosis / Immunotherapy reagent
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Diskin, R. / Borenstein-Katz, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Biomolecular Recognition of the Glycan Neoantigen CA19-9 by Distinct Antibodies.
著者: Borenstein-Katz, A. / Warszawski, S. / Amon, R. / Eilon, M. / Cohen-Dvashi, H. / Leviatan Ben-Arye, S. / Tasnima, N. / Yu, H. / Chen, X. / Padler-Karavani, V. / Fleishman, S.J. / Diskin, R.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年3月8日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain
B: Light chain
C: Heavy chain
D: Light chain
E: Heavy chain
F: Light chain
G: Heavy chain
I: Light chain
J: Heavy chain
K: Light chain
H: Heavy chain
L: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,08012
ポリマ－290,08012
非ポリマー00
水18,4111022
1
A: Heavy chain
B: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain
D: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
3
E: Heavy chain
F: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
4
G: Heavy chain
I: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
5
J: Heavy chain
K: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
6
H: Heavy chain
L: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3472
ポリマ－48,3472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.018, 155.018, 121.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: 抗体
Heavy chain


分子量: 24823.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Light chain


分子量: 23522.887 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Bis tris propane pH9, PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→47.882 Å / Num. obs: 126118 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.41-2.493.61.04244660124590.4760.641.2261.1100
9.33-47.883.40.046699020670.9970.0290.05518.894.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Holo Ab 5b1

解像度: 2.41→47.882 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1976 1.57 %
Rwork0.1678 --
obs0.1688 126038 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.91 Å2 / Biso mean: 49.3386 Å2 / Biso min: 17.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→47.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19866 0 0 1022 20888
Biso mean---46.33 -
残基数----2611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.41-2.47030.34321380.27948900100
2.4703-2.53710.32581380.2568900100
2.5371-2.61170.33691460.2448861100
2.6117-2.6960.29761360.23698884100
2.696-2.79240.27991480.21628849100
2.7924-2.90420.26241350.20868906100
2.9042-3.03630.26611340.19498895100
3.0363-3.19640.23631500.18938838100
3.1964-3.39660.25881360.18228892100
3.3966-3.65870.22171480.15858853100
3.6587-4.02680.21021440.14318858100
4.0268-4.6090.19481420.12198857100
4.609-5.80530.16241440.1231883599
5.8053-47.8820.19341370.1451873498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6537-0.03880.20381.2930.42231.25220.12580.0431-0.04250.0046-0.15640.05520.0243-0.16130.03230.27620.00810.00510.2893-0.01320.1729-2.5421-14.29560.4092
21.02310.5552-0.31390.8826-0.14010.9830.02320.1566-0.0315-0.09630.0303-0.0692-0.07570.2266-0.04990.33230.00430.00470.4030.00490.24722.6278-3.7425-9.857
31.6989-0.5061-0.32671.9914-0.17141.8518-0.01230.36830.1064-0.3264-0.0029-0.1530.09510.29780.01240.37510.01340.05460.50160.01190.301825.2908-5.5182-18.2173
43.50971.1556-1.29891.99910.6224.23390.1839-0.48550.00310.0929-0.2509-0.0297-0.12580.25820.19910.31750.0531-0.0550.26720.00960.20717.9497-28.054112.1518
52.34650.234-0.34941.1623-0.19410.2058-0.05520.0352-0.33440.13490.0076-0.0030.11560.08110.0250.28250.0278-0.0110.2662-0.03120.22811.4677-28.66646.8636
61.4358-0.26350.20541.8813-0.72480.9136-0.04090.14630.21470.0288-0.0267-0.3498-0.08390.22730.03890.268-0.0145-0.00570.3830.01870.317837.2313-3.4742-3.6393
71.401-0.03660.03481.6488-0.32821.09240.00980.05840.22630.11070.00240.1199-0.1524-0.0006-0.02170.31570.00910.02140.32220.03440.2665-11.48519.0273-20.5038
80.68030.5075-0.19621.59810.45520.86050.04150.3786-0.1139-0.38730.04790.22940.1388-0.0784-0.07620.4049-0.019-0.06230.5298-0.00180.2795-14.6518-13.8782-28.686
91.9698-0.2425-0.05220.8271-0.51781.55060.07840.5335-0.1638-0.34560.07340.15880.3699-0.0528-0.09250.5308-0.0319-0.10440.5924-0.02570.3142-18.2708-20.5285-34.4949
101.9460.52020.67373.23650.51283.14330.093-0.42630.5510.3442-0.04430.58690.119-0.29-0.03140.38240.05270.14980.65690.10760.5822-34.7187-1.9506-9.2109
112.51360.2893-0.1422.1818-0.40241.10490.1268-0.09450.64450.00970.15060.4418-0.2558-0.2109-0.24720.29070.01020.08870.49040.0660.5278-29.5517-1.459-17.0544
121.4796-0.18430.11861.5277-0.91761.0909-0.1515-0.0417-0.0829-0.22980.37710.16150.1062-0.1815-0.21120.3179-0.0452-0.0710.42240.02560.4098-25.8631-26.8365-20.1566
132.8116-0.1234-0.27880.9904-0.63611.4888-0.35090.2063-0.6864-0.11790.1693-0.14480.5265-0.01920.07240.5236-0.0315-0.0290.3899-0.09650.5749-21.587-37.3617-23.0717
141.62690.117-0.03451.7718-0.21841.0252-0.0785-0.0341-0.1431-0.01010.10670.12080.14330.0403-0.02690.24670.01320.00440.28480.02990.221864.5849-50.90916.996
151.51840.1922-0.31670.87740.56011.32-0.3621-1.22950.30640.35690.3335-0.0567-0.06580.1498-0.02170.4930.243-0.07780.9612-0.17210.280863.7638-21.348428.6367
160.62690.5919-0.02283.83290.5613.33420.06030.1711-0.2161-0.6337-0.16550.3976-0.191-0.26730.13380.33340.058-0.0620.54890.09150.372643.9537-37.62524.7319
172.95290.33350.37322.9859-0.27452.3795-0.07970.0118-0.9058-0.1270.41140.11870.2726-0.0054-0.22920.24170.0088-0.04550.39910.00340.452548.8017-47.160710.2523
181.3896-0.1560.98352.0596-0.38011.922-0.0411-0.0505-0.42450.81560.26220.51880.3102-0.9542-0.20720.33680.00310.0090.66540.19940.845139.8279-49.246916.7049
191.7847-0.2043-1.44653.25752.08437.13360.18140.2768-1.12840.0330.59630.17980.8906-0.5373-0.50040.3411-0.0148-0.16240.6829-0.0170.677439.9853-46.42455.9027
202.2725-0.47580.34323.0055-0.0321.1307-0.11160.1996-0.25160.04050.11730.1517-0.0066-0.15820.03620.25970.01960.00650.4230.05060.291949.0982-42.36199.0918
212.38880.1349-0.08121.5683-0.17541.1769-0.1179-0.42720.4340.2750.2379-0.2948-0.12240.0304-0.13960.42320.0857-0.11320.5001-0.20020.426357.0907-11.830918.9383
221.8049-0.82240.17011.49230.00971.4399-0.3601-0.15920.81450.02580.505-0.2774-0.30890.1348-0.06810.42610.0158-0.06610.521-0.17140.54460.6966-10.48216.2781
234.28981.62960.45571.1408-0.50991.1912-0.1591-0.32290.39480.21710.4974-0.5367-0.42090.2629-0.17720.39880.0596-0.13260.4932-0.2540.646653.8048-3.224918.45
240.4960.14960.33142.6625-0.04132.88960.1634-0.05610.39720.19250.2120.0629-0.079-0.1013-0.30570.25240.0335-0.01580.22690.0280.192669.7134-45.8561-40.076
251.69420.2182-0.09471.70920.24760.9931-0.0829-0.0305-0.1495-0.03760.0062-0.00260.15890.06180.07520.30860.01240.03650.3212-0.01870.230666.556-53.8775-46.0091
261.09450.8311-0.16832.02060.10160.7667-0.0782-0.06790.117-0.05190.04760.31520.2281-0.0647-0.00620.2818-0.00880.0080.2803-0.01070.250858.854-52.1014-44.7781
270.9520.39080.12621.0851-0.18471.5360.0735-0.12730.05790.1302-0.07120.184-0.1788-0.0125-0.01560.33380.0050.02930.3124-0.0360.250465.2309-24.7713-34.7103
281.907-0.4189-0.51811.621-0.21881.74060.2141-0.39030.18350.4258-0.0540.1796-0.286-0.0247-0.10650.4049-0.00410.0580.3877-0.080.32762.5415-23.0081-26.4979
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 111 )A1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 175 )A112 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 215 )A176 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 24 )B1 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 113 )B25 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 114 through 213 )B114 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 100E)C1 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 100F through 157 )C100
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 158 through 215 )C158 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 24 )D1 - 24
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 25 through 128 )D25 - 128
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 129 through 174 )D129 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 175 through 213 )D175 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1 through 111 )E1 - 111
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 112 through 215 )E112 - 215
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 1 through 24 )F1 - 24
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 76 through 106 )F76 - 106
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 107 through 150 )F107 - 150
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 151 through 197 )F151 - 197
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29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 1 through 24 )I1 - 24
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37X-RAY DIFFRACTION37chain 'K' and (resid 1 through 24 )K1 - 24
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'K' and (resid 25 through 75 )K25 - 75
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40X-RAY DIFFRACTION40chain 'K' and (resid 114 through 174 )K114 - 174
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'K' and (resid 175 through 213 )K175 - 213
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 18 through 33 )H18 - 33
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 34 through 51 )H34 - 51
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 52 through 63 )H52 - 63
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 64 through 95 )H64 - 95
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 96 through 111 )H96 - 111
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 112 through 189 )H112 - 189
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 190 through 203 )H190 - 203
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 204 through 215 )H204 - 215
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'L' and (resid 1 through 24 )L1 - 24
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'L' and (resid 25 through 48 )L25 - 48
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'L' and (resid 49 through 61 )L49 - 61
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'L' and (resid 62 through 75 )L62 - 75
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'L' and (resid 76 through 92 )L76 - 92
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'L' and (resid 93 through 113 )L93 - 113
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'L' and (resid 114 through 150 )L114 - 150
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'L' and (resid 151 through 174 )L151 - 174
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'L' and (resid 175 through 197 )L175 - 197
60X-RAY DIFFRACTION60chain 'L' and (resid 198 through 213 )L198 - 213

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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