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- PDB-6xso: GH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bacterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xso
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bacterium
要素Cellulase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DEFC0207ER64494 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase
B: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4265
ポリマ－85,1632
非ポリマー2633
水18,8801048
1
A: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8454
ポリマ－42,5821
非ポリマー2633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5821
ポリマ－42,5821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.640, 91.890, 170.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cellulase


分子量: 42581.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2BCH8
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein 37 mg/mL in 10 mM MOPS buffer at pH 7, 50 mM NaCl was mixed with an equal volume of reservoir solution with 0.15M DL Malic acid, 20% PEG 3350. Sample was cryoprotected with reservoir ...詳細: Protein 37 mg/mL in 10 mM MOPS buffer at pH 7, 50 mM NaCl was mixed with an equal volume of reservoir solution with 0.15M DL Malic acid, 20% PEG 3350. Sample was cryoprotected with reservoir supplemented to 35% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.774901 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.774901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.52 Å / Num. obs: 140750 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 21.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07386 / Rpim(I) all: 0.02085 / Rrim(I) all: 0.07679 / Net I/σ(I): 19.45
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 13918 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.3862 / Rrim(I) all: 1.444 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3vdh

3vdh


解像度: 1.5→36.52 Å / SU ML: 0.1465 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.4751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1699 1980 1.41 %
Rwork0.1477 138731 -
obs0.148 140711 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5890 0 17 1048 6955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00726171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9678387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.11472180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.3219990.26679835X-RAY DIFFRACTION99.92
1.54-1.580.24661980.22889732X-RAY DIFFRACTION99.94
1.58-1.630.2369990.20459830X-RAY DIFFRACTION99.97
1.63-1.680.19441980.18139772X-RAY DIFFRACTION99.97
1.68-1.740.1842990.16729862X-RAY DIFFRACTION99.95
1.74-1.810.1999990.15699835X-RAY DIFFRACTION99.96
1.81-1.890.15871980.14669799X-RAY DIFFRACTION99.94
1.89-1.990.1818990.14679945X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.110.18671980.1449782X-RAY DIFFRACTION99.98
2.11-2.280.1653990.13839932X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.15611980.13319893X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.870.1586990.140710025X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.610.1721400.143510078X-RAY DIFFRACTION100
3.61-36.520.15231570.141310411X-RAY DIFFRACTION99.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.285230506354-0.00329593378781-0.01305288082651.881634163530.127691469461.32115445809-0.04105063420510.08583712449150.203284271048-0.236528161206-0.0549506754631-0.021966124796-0.459333558709-0.02658932128490.07883203778980.3393372978090.0360226191543-0.02061241359830.1817262178370.004439454000420.19829378077551.073578112333.550481871142.3764602666
20.8215833353580.139787093689-0.1154270906841.40111262210.8942742248921.93858543643-0.003211514306480.04190020845010.122039060798-0.272561116572-0.05961748475080.126099316151-0.366169131251-0.1266983103720.07671374426670.2758755018430.047873384678-0.02435377101040.166728467621-0.004888096270620.19381391473646.732981677629.263414962839.0985071676
30.4625781735080.0657204217010.01034891202051.535381815480.791436876361.55758808547-0.03591057398730.02699335675340.00693696199687-0.2174628956470.0210562024788-0.0958592321462-0.1887166064610.04619598074380.01272712898640.2401863567980.01398584232090.02661172037480.1812692698970.00135485451550.18992978194255.961496735816.824758309532.1806311662
41.01944006650.11765884487-0.1377422556851.184489103490.2048301264431.413013881590.00222598394284-0.126306756343-0.08565577215910.0918796798909-0.0377752691607-0.006294304123780.0327718141771-0.07105719994730.0399187359460.1804741678920.0088555772234-0.01428544789860.1834107387970.00116852801310.17076376052248.427374265413.737603680653.4240542034
51.05491320967-0.2511506308880.4018788372340.8150149085280.1524007867361.438323473160.03720343506880.1296311416350.0557133723637-0.000418189073163-0.0916890038277-0.3964682027260.1173791978340.5197450133220.01581083473130.1569620904580.0365296344824-0.01117030240370.33045002270.05674523408690.29674407169754.045454064251.98096729414.24754998648
61.09638007308-0.1865819471860.5116290499891.00797542733-0.7820121719123.59189955379-0.0331318572077-0.06202227210510.1335453801710.0631678730895-0.0672229670183-0.129377326576-0.2183974110440.2288507816520.11052199840.171244164887-0.0146718149859-0.03030964290820.1726936069930.00550123213190.21866102046643.544575079763.41373814550.738000439814
71.265352581180.5979040052590.381359467651.110632984140.1650129615231.24254881402-0.02982098561640.02339935596210.0314261298384-0.0766012121488-0.0295714765777-0.04009451650920.05564011029760.05144443819460.0570250175150.1857169030380.02446440704920.006296573855750.1734189527930.002088017701030.18466140917637.739392795348.5316389823-8.4519315048
88.682137636711.029249853110.4129491436072.151010983270.5230273956172.569881573740.002992839789590.0788367116812-0.4267995206280.0185474244856-0.0300512955774-0.02787296034550.382395075001-0.1122929976660.06526975677610.258274780027-0.00482974346537-0.004196520035120.1140054047480.02486126074680.17099957299632.630962899736.0477100152-3.13554944919
90.853941131823-0.00128638806901-0.1972100730891.06969968961-0.2740837807111.56338017375-0.0143693284731-0.204174311343-0.06620120473790.1437390319850.01852119995780.07506033843560.0882932723932-0.0925322085811-0.002131083993310.1985928674170.00227074037032-0.007291381714190.2650278183180.02071169661010.21315761524131.832192474447.710070292713.601594006
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 64 )AA7 - 641 - 58
22chain 'A' and (resid 65 through 139 )AA65 - 13959 - 134
33chain 'A' and (resid 140 through 263 )AA140 - 263135 - 261
44chain 'A' and (resid 264 through 379 )AA264 - 379262 - 379
55chain 'B' and (resid 5 through 44 )BE5 - 441 - 38
66chain 'B' and (resid 45 through 113 )BE45 - 11339 - 108
77chain 'B' and (resid 114 through 236 )BE114 - 236109 - 233
88chain 'B' and (resid 237 through 263 )BE237 - 263234 - 260
99chain 'B' and (resid 264 through 378 )BE264 - 378261 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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