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- PDB-6xrx: Crystal structure of the mosquito protein AZ1 as an MBP fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrx
タイトルCrystal structure of the mosquito protein AZ1 as an MBP fusion
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Mosquito protein AZ1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / mosquito / fatty acids / lipids / anti-viral
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Insect allergen-related / Insect allergen related repeat, nitrile-specifier detoxification / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Microvilli membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. / Foo, A.C.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA- ES102645 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01- ES102906 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The mosquito protein AEG12 displays both cytolytic and antiviral properties via a common lipid transfer mechanism.
著者: Foo, A.C.Y. / Thompson, P.M. / Chen, S.H. / Jadi, R. / Lupo, B. / DeRose, E.F. / Arora, S. / Placentra, V.C. / Premkumar, L. / Perera, L. / Pedersen, L.C. / Martin, N. / Mueller, G.A.
履歴
登録2020年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Mosquito protein AZ1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8507
ポリマ－61,3291
非ポリマー5216
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.013, 113.013, 83.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Mosquito protein AZ1


分子量: 61329.234 Da / 分子数: 1 / 変異: surface entropy reduction mutations in MBP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, AAEL010431, AAEL013577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q8T5C5
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 555分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細In this construct, mosquito protein AZ1 is the C-terminal domain of this MBP fusion protein

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 1000, 50mM MES, 100mM NaCl, 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 44356 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.51 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 2211 / CC1/2: 0.742 / CC star: 0.923 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 0.861 / Rsym value: 0.792 / Χ2: 0.882 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T05, 4JRB

5t05

4jrb


解像度: 1.95→33.82 Å / SU ML: 0.1712 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 19.3604
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 2221 5.02 %
Rwork0.1765 41995 -
obs0.1778 44216 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 31 550 4804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58136027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.72071542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.990.23481350.21852540X-RAY DIFFRACTION96.5
1.99-2.040.21421360.20852586X-RAY DIFFRACTION99.45
2.04-2.090.25081350.20242625X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.140.2361420.1952612X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.22131360.18422601X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.19171420.17862618X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.2271390.17652654X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.450.23141360.17452626X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.23131400.1822626X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.70.22281430.17412640X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.870.19891310.18072625X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.090.20471370.1832625X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.40.2031390.16922626X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.890.16721440.15692652X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.90.17281400.15592668X-RAY DIFFRACTION100
4.9-33.820.17921460.17972671X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.240663245340.100179763401-0.2357936722521.719544444830.06868688702261.640185047570.0704568097649-0.265429428004-0.06506639159590.219103381787-0.0301148712626-0.0292450702358-0.122197184729-0.0334751242544-0.01843591107840.105235790538-0.00411709685967-0.01449869680310.1331543031290.0111205886750.018440901451943.667479937590.08347771334.26784229064
21.39463430120.674082555677-0.3222092261671.01610661252-0.2317587300030.653134915239-0.008929726129560.0429977478991-0.154156179538-0.05269642106870.03459013131940.1275055149270.105225401585-0.0722599555468-0.02904290701830.09877040310340.00157694722059-0.02832779970740.07374247300720.02258664954170.099409270039825.426083023280.5051273401-3.03247848777
39.03210902918-2.65852066146-2.18063079799.39215679306-1.422015814792.511614731140.244992813981.58467644210.587875611448-1.49302250160.1253524354690.33132093954-0.548642847727-0.304342114916-0.3853277442690.393678711623-0.0267940360747-0.02722023387340.3436526160980.1527712361640.37263080669812.123095612293.3551326167-9.4097391462
41.631114289731.02322406368-0.4156085793071.50180148347-0.3476749648030.6598802475440.0618056960922-0.0860263065866-0.2092133875030.0637816267789-0.04702278923210.07294084063530.138385155493-0.0941702493646-0.018328857590.117389706178-0.0194133058607-0.02949191736850.1012516017630.02072383663970.12443932724722.768433408275.08336831271.67437235824
52.253271747061.088570353910.1905177795881.47903999540.1700977185591.6325269367-0.08164964067390.217880540704-0.267084192015-0.267635065520.0855500142155-0.07404390100270.189751366740.0208067246069-0.01993585918250.126370396565-1.27731221589E-7-0.004218229734960.097662274086-0.01898748706360.065789771012239.648076841881.5783975631-10.871374532
61.59688605022-0.216379230206-0.235222164841.457715234580.09677562312410.810536205340.0939963003447-0.1270687479230.2102380449890.301720895417-0.01762703228790.327335123002-0.104810381376-0.208030095928-0.02570828976280.212650625669-0.002101515290710.06836038428970.135594752033-0.004461997162680.1964370058912.535755754390.14898921967.70669734904
70.391613617996-1.40320434044-0.820257223645.073149747383.279141280644.33979684248-0.2826648788880.591188277646-0.5206585065120.218680703617-0.4569211163580.5559835946850.277303558758-0.8995181291550.5505728863420.1801459108830.03066455578580.03709564985850.38158445598-0.2025549496360.423676347120.559252579371119.6784579229.5347178295
80.9541487260140.501332305498-0.2405353758860.55059715863-0.6821182538891.141672491180.0771986269016-0.03917730466110.239256644863-0.327722416278-0.01212260037-0.275032197484-0.386663213467-0.0719534978405-0.260652549520.3899707018440.146894402613-0.008562294350740.172385240596-0.1361265735090.4037384033439.32878755715132.42582398226.6110479229
91.7261289753-0.2133519848641.192603640485.735874903931.182390872493.69793725889-0.009915347776430.04797618630610.261292429204-0.2015923780590.190124281079-0.140034046176-0.2025448215870.45990631947-0.1331941824610.263786988329-0.061675331920.1010883447550.160217396979-0.07156294718360.28311620640111.7749346064122.1764244310.0623933612
100.913410748552-0.765504051085-0.1895514131011.079672196781.251565387052.67776829413-0.224700228489-0.1437988343370.2843916092660.2345586203610.495047185462-0.4347753151180.2851367714720.794641492248-0.1793753646690.2767279364910.0746817223258-0.01787169101740.378504665814-0.1419559583080.4599060683116.6589635804116.95973187722.7566474028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:55)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 56:168)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 169:175)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 176:273)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 274:322)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 323:1037)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 1038:1051)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 1052:1066)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 1067:1107)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 1108:1204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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