PDB-3f9q: Re-refinement of uncomplexed plasmepsin II from Plasmodium falciparum.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f9q

タイトル

Re-refinement of uncomplexed plasmepsin II from Plasmodium falciparum.

要素

Plasmepsin-2

キーワード

HYDROLASE / Aspartyl protease / Glycoprotein / Protease / Vacuole / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Robbins, A.H. / Mckenna, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Crystallographic evidence for noncoplanar catalytic aspartic acids in plasmepsin II resides in the Protein Data Bank.
著者: Robbins, A.H. / Dunn, B.M. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.

履歴

登録	2008年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f9q.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f9q.ent.gz	60.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f9q_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f9q_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	3f9q_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	3f9q_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lf4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4v24-d 1lf3-2 4z22-d 7a5e-d 4n4u-d 3ixd-d 5owr-2 7a5c-d 5gm8-d 1w87-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin-2

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Plasmepsin-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.659, 39.567, 90.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-609- HOH

詳細

1

#1: タンパク質	Plasmepsin-2 / Aspartic hemoglobinase II / PFAPD 分子量: 36909.617 Da / 分子数: 1 / 変異: M205S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.92 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.8 Å / Num. obs: 29457 / Observed criterion σ(F): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: CNS / バージョン: 1.2 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1LF4

1lf4

解像度: 1.9→19.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1443	-	Random
R_work	0.212	-	-	-
all	-	28753	-	-
obs	-	28457	99 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5 Å²	8.7 Å²	-3.6 Å²
2-	-	0 Å²	1.9 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.03 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.02 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2568	0	0	212	2780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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