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- PDB-6g76: Phosphorylated RSK4 N-terminal Kinase Domain in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g76
タイトルPhosphorylated RSK4 N-terminal Kinase Domain in complex with AMP-PNP
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
キーワードTRANSFERASE / RSK4 / AGC kinase / p90 ribosomal S6 kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of embryonic development / negative regulation of mesoderm development / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / TORC1 signaling / RSK activation / Recycling pathway of L1 / central nervous system development / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...negative regulation of embryonic development / negative regulation of mesoderm development / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / TORC1 signaling / RSK activation / Recycling pathway of L1 / central nervous system development / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / fibrillar center / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Prischi, F. / Ali, M.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC33269/A11161 英国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: Repurposed floxacins targeting RSK4 prevent chemoresistance and metastasis in lung and bladder cancer.
著者: Chrysostomou, S. / Roy, R. / Prischi, F. / Thamlikitkul, L. / Chapman, K.L. / Mufti, U. / Peach, R. / Ding, L. / Hancock, D. / Moore, C. / Molina-Arcas, M. / Mauri, F. / Pinato, D.J. / ...著者: Chrysostomou, S. / Roy, R. / Prischi, F. / Thamlikitkul, L. / Chapman, K.L. / Mufti, U. / Peach, R. / Ding, L. / Hancock, D. / Moore, C. / Molina-Arcas, M. / Mauri, F. / Pinato, D.J. / Abrahams, J.M. / Ottaviani, S. / Castellano, L. / Giamas, G. / Pascoe, J. / Moonamale, D. / Pirrie, S. / Gaunt, C. / Billingham, L. / Steven, N.M. / Cullen, M. / Hrouda, D. / Winkler, M. / Post, J. / Cohen, P. / Salpeter, S.J. / Bar, V. / Zundelevich, A. / Golan, S. / Leibovici, D. / Lara, R. / Klug, D.R. / Yaliraki, S.N. / Barahona, M. / Wang, Y. / Downward, J. / Skehel, J.M. / Ali, M.M.U. / Seckl, M.J. / Pardo, O.E.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2066
ポリマ－70,6222
非ポリマー1,5844
水59433
1
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3894
ポリマ－35,3111
非ポリマー1,0783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8172
ポリマ－35,3111
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.489, 52.331, 115.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-6 / S6K-alpha-6 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 6 / p90RSK6 / Ribosomal S6 kinase 4 / RSK-4 / pp90RSK4


分子量: 35310.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA6, RSK4 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UK32, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 18 % PEG 6000, 0.1 M TRIS pH8, 2 mM Zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3→47.67 Å / Num. obs: 15236 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.04532 / Rrim(I) all: 0.06409 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1574 / Num. unique obs: 1511 / CC1/2: 0.923 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G77

6g77


解像度: 3→47.667 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 741 4.86 %
Rwork0.2218 14448 -
obs0.226 15236 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.04 Å2 / Biso mean: 60.1711 Å2 / Biso min: 3.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4299 0 94 33 4426
Biso mean--82.07 46.3 -
残基数----560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6736114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1981585
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0006-3.23150.33561530.272828573010
3.2315-3.55550.28371520.23928513003
3.5555-4.0670.25031550.208228763031
4.067-5.11280.26041390.198329013040
5.1128-21.66830.25721410.231329633104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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