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万見
- PDB-4euo: Structure of Atu4243-GABA sensor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4euo
タイトルStructure of Atu4243-GABA sensor
要素ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / class D of PBP / GABA-binding
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / periplasmic space / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Morera, S. / Planamente, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
著者: Planamente, S. / Mondy, S. / Hommais, F. / Vigouroux, A. / Morera, S. / Faure, D.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6246
ポリマ－35,1481
非ポリマー4755
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.090, 59.090, 150.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)


分子量: 35148.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu4243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CGA5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: AS, Tris-HCl 8.5 and 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→42 Å / Num. all: 78000 / Num. obs: 77296 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 13.46 Å2
反射 シェル解像度: 1.28→1.36 Å / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EQ7

4eq7


解像度: 1.28→18.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9649 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9589 / SU R Cruickshank DPI: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1814 3863 5 %RANDOM
Rwork0.1648 ---
all0.167 78000 --
obs0.1657 77265 97.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3521 Å20 Å20 Å2
2---1.3521 Å20 Å2
3---2.7041 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.134 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→18.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 30 380 2820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012512HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes359HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2512HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.21
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion326SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3340SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 237 5.01 %
Rwork0.218 4498 -
all0.219 4735 -
obs--97.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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