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- PDB-6xq4: Human antibody S8V2-47 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xq4
タイトルHuman antibody S8V2-47 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Beijing/262/1995(H1N1)
要素
  • Hemagglutinin
  • antibody S8V2-47 heavy chain
  • antibody S8V2-47 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.347 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
B: antibody S8V2-47 light chain
F: antibody S8V2-47 light chain
C: antibody S8V2-47 heavy chain
E: antibody S8V2-47 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2838
ポリマ－149,2726
非ポリマー1,0112
水00
1
A: Hemagglutinin
B: antibody S8V2-47 light chain
C: antibody S8V2-47 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0604
ポリマ－74,6363
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
F: antibody S8V2-47 light chain
E: antibody S8V2-47 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2234
ポリマ－74,6363
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.090, 66.470, 135.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 25338.191 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 65-280) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Beijing/262/1995(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Beijing/262/1995(H1N1) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B4UPF7
#2: 抗体 antibody S8V2-47 light chain


分子量: 24193.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody S8V2-47 heavy chain


分子量: 25103.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium chloride, 12% w/v PEG4000 , 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.347→49.475 Å / Num. obs: 23648 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 97.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05192 / Rpim(I) all: 0.05192 / Rrim(I) all: 0.07343 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル解像度: 3.347→3.467 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3033 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2357 / CC1/2: 0.765 / CC star: 0.931 / Rpim(I) all: 0.3033 / Rrim(I) all: 0.4289 / % possible all: 97.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6Q0E, 4TSB, 6B5L, & 6E4X

6q0e

4tsb

6b5l

6e4x


解像度: 3.347→49.475 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 1142 4.83 %
Rwork0.2381 22493 -
obs0.2401 23635 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.54 Å2 / Biso mean: 102.3972 Å2 / Biso min: 45.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.347→49.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10122 0 67 0 10189
Biso mean--150.94 --
残基数----1303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3472-3.49950.42911340.3317281697
3.4995-3.6840.35251550.2984280598
3.684-3.91470.33081320.2855280797
3.9147-4.21680.3461400.2662274795
4.2168-4.64090.26811390.2242283598
4.6409-5.31170.2441400.2133275095
5.3117-6.68960.24721430.2322288999
6.6896-49.4750.23411590.1988284495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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