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- PDB-6xpz: Human antibody S1V2-83 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpz
タイトルHuman antibody S1V2-83 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Moscow/10/1999(H3N2)
要素
  • (antibody S1V2-83 ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
B: antibody S1V2-83 heavy chain
C: antibody S1V2-83 light chain
E: antibody S1V2-83 heavy chain
F: antibody S1V2-83 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,79812
ポリマ－164,1716
非ポリマー2,6266
水00
1
A: Hemagglutinin
B: antibody S1V2-83 heavy chain
C: antibody S1V2-83 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3186
ポリマ－82,0863
非ポリマー1,2323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
E: antibody S1V2-83 heavy chain
F: antibody S1V2-83 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4806
ポリマ－82,0863
非ポリマー1,3943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.790, 103.710, 220.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 32319.330 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Moscow/10/1999(H3N2) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1NZ37

-
抗体 , 2種, 4分子 BECF

#2: 抗体 antibody S1V2-83 heavy chain


分子量: 26269.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody S1V2-83 light chain


分子量: 23496.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 6分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a6-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% w/v PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→49.1 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.07339 / Rrim(I) all: 0.2248 / Net I/σ(I): 10.01
反射 シェル解像度: 3.45→3.573 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.837 / CC star: 0.955 / Rpim(I) all: 0.3951 / Rrim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5W08,6DC3, 5SX4, & 6E4X

5w08

6dc3

5sx4

6e4x


解像度: 3.45→49.1 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3068 1325 5.01 %
Rwork0.2505 25126 -
obs0.2533 26451 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 444.85 Å2 / Biso mean: 140.073 Å2 / Biso min: 59.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11009 0 173 0 11182
Biso mean--156.53 --
残基数----1425
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.45-3.590.38671310.34472730286199
3.59-3.750.39521590.321627372896100
3.75-3.950.41061520.297327282880100
3.95-4.20.32521600.269127442904100
4.2-4.520.31570.242127802937100
4.52-4.970.27921130.223428112924100
4.98-5.690.27011440.227727952939100
5.69-7.170.33251590.261928392998100
7.17-49.10.24521500.21362962311299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70921.41080.13611.15560.1466-0.01670.05350.2373-0.3849-0.1509-0.0554-0.6879-0.02850.1953-0.09841.44460.1458-0.23481.19750.09460.6623-14.976-9.684-4.262
20.457-0.315-0.11850.20970.19310.47010.24730.0562-0.0165-0.0399-0.098-0.0586-0.1820.61201.08150.056-0.08280.93450.17871.179-19.747.40910.434
30.71740.6615-0.30920.606-0.28960.13510.1730.27160.617-0.2701-0.16560.7059-0.23690.25710.01460.93040.2095-0.110.7935-0.15260.7073-25.2276.39620.058
41.50521.07510.22991.25190.49710.30480.04170.19360.55240.0214-0.25090.43590.3835-0.1492-0.0511.61430.1232-0.32931.18270.04880.5992-21.482-15.031-6.687
50.50480.2031-0.36340.4878-0.2070.2223-0.04250.01910.259-0.1061-0.0921-0.18550.06810.4253-00.80450.07150.02990.7771-0.00751.0167-46.0852.534.83
60.7556-0.2741-0.06350.36560.40420.5324-0.13250.14570.28430.14230.19940.4415-0.48630.2792-0.00020.87870.02060.07030.82390.02631.2801-59.32212.56444.402
70.210.14220.06290.09810.0520.0071-0.2356-0.2850.0072-0.3961-0.4585-0.54420.20090.5157-0.00021.1770.270.05631.03440.13710.8154-46.736-4.80824.74
80.11430.07870.11970.28120.01990.1292-0.1817-0.4170.0721-0.1410.10710.87050.6225-0.36860.01291.14370.07-0.15760.9016-0.3660.7327-48.001-21.97520.873
90.0941-0.0566-0.22620.4611-0.0090.55980.14480.22140.03270.0971-0.03430.05410.0693-0.1996-0.00010.79290.0719-0.13650.8465-0.12831.5705-20.626-26.60432.003
100.34090.35430.29710.35020.30240.23880.3276-0.06930.0144-0.5447-0.4589-0.20570.27910.05450.00030.85470.0435-0.11751.08220.11521.2864-16.425-20.93730.569
110.76830.7063-0.10242.4220.86470.52450.07090.4679-0.0559-0.42640.0227-0.4340.06630.01360.55771.2139-0.1645-0.9341.10720.05422.26612.625-49.40258.76
121.576-1.0307-1.50720.76130.90061.48750.7416-0.5112-0.58810.8248-0.7874-0.09360.351-0.6061-0.00621.0008-0.6071-0.38310.83350.21471.3872-4.772-44.63959.465
130.56460.49930.19760.4310.0730.7356-0.0444-0.0460.22360.03820.2893-0.2871-0.29360.2947-00.6573-0.01080.01940.70670.00511.4322-0.234-16.08634.757
140.0509-0.00070.0634-0.00210.00020.07840.0313-0.4013-0.2024-0.2059-0.0277-0.5149-0.00580.38370.00060.7090.0443-0.23091.1950.29881.547712.152-27.46348.942
150.453-0.6691-0.88231.05981.34321.7405-0.1074-0.49780.2143-0.04260.9372-0.20520.1969-0.52770.92621.6024-0.1784-1.111.38890.28292.43182.442-55.3155.803
160.19180.2173-0.64730.4083-0.94842.50170.0850.5506-1.13620.24690.4971-0.3065-0.1995-0.23710.32540.98120.0679-0.58091.0687-0.32132.14638.663-42.83547.934
170.80380.1645-0.26010.05640.02730.36440.373-0.0674-0.3636-0.56320.50270.49820.8241-0.1742.69881.54340.0969-1.26710.825-0.20583.34811.265-53.66248.998
180.43230.23780.3930.4940.24290.3460.21060.0989-0.14150.11960.15220.18920.0582-0.262900.8205-0.0351-0.03880.7819-0.08051.2097-59.504-22.47260.004
190.0121-0.21250.05992.1185-0.45170.06990.156-0.1283-0.2395-0.456-0.35620.39460.3544-0.0459-0.66030.6197-0.09230.24480.98920.26161.2029-52.534-26.83372.396
200.0027-0.08290.06731.5102-1.24861.01610.3574-0.7627-0.0299-0.3802-0.3427-0.44460.8917-0.03090.08390.765-0.35110.1211.37860.28091.3724-52.484-38.10389.56
211.28181.4555-0.22281.6362-0.26050.03780.16750.3810.1053-0.50780.90960.50790.2664-0.8950.43581.2497-0.6358-0.18332.01090.09890.6387-59.309-43.04694.201
220.2333-0.1563-0.02130.21640.00830.6868-0.0586-0.09880.0445-0.0377-0.2726-0.8462-0.16360.21930.00040.69780.0346-0.16190.77770.09730.9842-41.182-12.10771.286
230.3108-0.039-0.23791.60071.03540.81030.4166-0.9371-0.6055-0.38580.1874-1.01340.608-0.15790.17551.3465-0.0848-0.25191.06220.47631.1661-38.369-43.62487.878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 41:89 )A41 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 90:184 )A90 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 185:251 )A185 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 252:308 )A252 - 308
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 44:146 )D44 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 147:255 )D147 - 255
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 256:280 )D256 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 281:312 )D281 - 312
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1:94 )B1 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 95:134 )B95 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 135:160 )B135 - 160
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 161:229 )B161 - 229
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 1:102 )C1 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 103:113 )C103 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 114:128 )C114 - 128
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 129:174 )C129 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 175:211 )C175 - 211
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 1:94 )E1 - 94
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 95:160 )E95 - 160
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 161:205 )E161 - 205
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 206:229 )E206 - 229
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 1:110 )F1 - 110
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN F AND RESID 111:211 )F111 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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