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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xpz | ||||||||||||
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タイトル | Human antibody S1V2-83 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Moscow/10/1999(H3N2) | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. 著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 578.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 483.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6xpoC ![]() 6xpqC ![]() 6xprC ![]() 6xpxC ![]() 6xpyC ![]() 6xq0C ![]() 6xq2C ![]() 6xq4C ![]() 5sx4S ![]() 5w08S ![]() 6dc3S ![]() 6e4xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 32319.330 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Moscow/10/1999(H3N2) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 BECF
#2: 抗体 | 分子量: 26269.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23496.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#5: 多糖 | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.74 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.45→49.1 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.07339 / Rrim(I) all: 0.2248 / Net I/σ(I): 10.01 |
反射 シェル | 解像度: 3.45→3.573 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.837 / CC star: 0.955 / Rpim(I) all: 0.3951 / Rrim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.08 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entries 5W08,6DC3, 5SX4, & 6E4X 解像度: 3.45→49.1 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 444.85 Å2 / Biso mean: 140.073 Å2 / Biso min: 59.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.45→49.1 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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