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- PDB-6xpz: Human antibody S1V2-83 in complex with the influenza hemagglutini... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xpz | ||||||||||||
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Title | Human antibody S1V2-83 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Moscow/10/1999(H3N2) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. Authors: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 578.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 483.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xpoC ![]() 6xpqC ![]() 6xprC ![]() 6xpxC ![]() 6xpyC ![]() 6xq0C ![]() 6xq2C ![]() 6xq4C ![]() 5sx4S ![]() 5w08S ![]() 6dc3S ![]() 6e4xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 32319.330 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: head domain (UNP residues 53-335) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: A/Moscow/10/1999(H3N2) / Gene: HA / Cell line (production host): BTI-Tn-5B1-4 / Production host: ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules BECF
#2: Antibody | Mass: 26269.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23496.914 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 4 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||
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#5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 5% w/v PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2018 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.45→49.1 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 99.49 % / Redundancy: 9 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.07339 / Rrim(I) all: 0.2248 / Net I/σ(I): 10.01 |
Reflection shell | Resolution: 3.45→3.573 Å / Redundancy: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.837 / CC star: 0.955 / Rpim(I) all: 0.3951 / Rrim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.08 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 5W08,6DC3, 5SX4, & 6E4X Resolution: 3.45→49.1 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 444.85 Å2 / Biso mean: 140.073 Å2 / Biso min: 59.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.45→49.1 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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