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- PDB-6xp0: Structure of human PYCR1 complexed with N-formyl L-proline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xp0
タイトルStructure of human PYCR1 complexed with N-formyl L-proline
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-formyl-L-proline / Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Christensen, E.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: In crystallo screening for proline analog inhibitors of the proline cycle enzyme PYCR1.
著者: Christensen, E.M. / Bogner, A.N. / Vandekeere, A. / Tam, G.S. / Patel, S.M. / Becker, D.F. / Fendt, S.M. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,93110
ポリマ－170,2165
非ポリマー7165
水6,503361
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,86320
ポリマ－340,43210
非ポリマー1,43110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.630, 88.513, 115.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-521-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5CR 1


分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物
ChemComp-FPK / 1-formyl-L-proline / 1-ホルミル-L-プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 143.141 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization reservoir contained 250 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Crystal was soaked in cryobuffer containing 100 mM N-formyl L-proline and 20% PEG 200.
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→82.32 Å / Num. obs: 120287 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 435036 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-1.983.81.3042272360450.4830.7741.5250.899.7
10.68-82.323.50.03928078020.9960.0230.04621.393.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5UAU

5uau


解像度: 1.95→67.026 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 2289 1.9 %
Rwork0.1869 117913 -
obs0.1873 120202 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.86 Å2 / Biso mean: 52.039 Å2 / Biso min: 23.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→67.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9874 0 50 361 10285
Biso mean--51.47 45.02 -
残基数----1375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.99240.37521560.3127467100
1.9924-2.03880.34011360.28247396100
2.0388-2.08970.26421690.2664743399
2.0897-2.14620.29491390.2496742499
2.1462-2.20940.26961560.2239744899
2.2094-2.28070.23471520.2048740999
2.2807-2.36220.2221440.194741399
2.3622-2.45680.21391410.1903743099
2.4568-2.56860.25181310.1936737198
2.5686-2.70410.29781150.1923736597
2.7041-2.87350.22381400.1989736197
2.8735-3.09540.22971650.2049730797
3.0954-3.40680.21811450.1896725296
3.4068-3.89980.1771380.1695720495
3.8998-4.91310.15231230.1467720293
4.9131-67.0260.17811390.1766743193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6539-0.57490.34213.5929-0.38170.70.03480.14380.2383-0.6396-0.0371-0.0892-0.1140.01540.00710.3772-0.00270.01240.40050.02310.3558-15.764259.5168-58.324
20.83340.30770.19872.47480.27890.60950.00240.0303-0.2048-0.1768-0.00250.4320.1509-0.09630.0030.28240.0015-0.04820.35390.00430.348-23.010628.3875-52.9092
30.8196-0.7005-0.16252.91180.2650.44920.01090.02530.0657-0.12870.00720.4243-0.1898-0.0906-0.02070.32520.00270.02660.37250.00760.371-32.552559.7568-23.9005
40.63110.6336-0.18422.4474-0.37110.72990.0291-0.0677-0.1220.2881-0.0190.19120.1587-0.1007-0.01830.2751-0.00290.05150.3292-0.00360.3309-29.804328.5159-14.968
50.45270.17920.01483.29490.33590.52950.0072-0.17510.250.6853-0.02760.3985-0.1009-0.02050.0190.4779-0.00490.0580.3956-0.03530.3477-4.477259.48813.0186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(peptide and chain A)A)0
2X-RAY DIFFRACTION2(peptide and chain B)B)0
3X-RAY DIFFRACTION3(peptide and chain C)C)0
4X-RAY DIFFRACTION4(peptide and chain D)D)0
5X-RAY DIFFRACTION5(peptide and chain E)E)0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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