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万見
- PDB-6xnc: Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with L-trypt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnc
タイトルSalmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with L-tryptophan and D-glycerol-3-phosphate
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / multi-enzyme complex / allosteric enzyme product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / TRYPTOPHAN / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives.
著者: Phillips, R.S. / Harris, A.P.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,45234
ポリマ－71,6182
非ポリマー2,83432
水9,998555
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,90468
ポリマ－143,2354
非ポリマー5,66864
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.289, 57.529, 67.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-719-

HOH

21B-773-

HOH

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, DD95_04145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 6種, 587分子

#3: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Bicine-Na, pH 7.8, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 1 mM spermine tetrahydrochloride, 10-12% PEG 3350, 6-10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→34.52 Å / Num. obs: 37470 / % possible obs: 92.24 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1018 / Rrim(I) all: 0.1222 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 2.11→2.185 Å / Rmerge(I) obs: 0.4377 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 2186 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 0.5754

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TYS.pdb

2tys


解像度: 2.11→34.52 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 2000 5.37 %
Rwork0.1625 35215 -
obs0.1653 37215 91.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.5 Å2 / Biso mean: 30.9794 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5025 0 138 555 5718
Biso mean--52.78 39.05 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5077086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2491911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003925
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.11-2.160.3224740.2621337141149
2.16-2.220.2831070.24621840194768
2.22-2.280.34691370.22422405254288
2.28-2.360.2941480.20042540268895
2.36-2.440.27481510.19242662281397
2.44-2.540.21481510.18262654280598
2.54-2.650.25161560.17672678283498
2.65-2.790.21651370.16812687282498
2.79-2.970.21271600.17062693285399
2.97-3.20.21341550.15552731288699
3.2-3.520.21811480.14732719286799
3.52-4.020.14721620.13032725288799
4.03-5.070.18161560.12362733288999
5.07-34.520.19441580.1672811296999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.14370.54360.75042.791-0.07540.33610.02230.0558-0.13960.08240.08110.518-0.0322-0.5107-0.10640.19540.02470.04580.5654-0.03110.3054-54.98332.710721.1127
20.7928-0.635-0.03522.60810.17530.9916-0.0049-0.16830.05980.0928-0.01740.0655-0.0680.00690.02520.15850.01990.02920.3846-0.01810.2313-40.86350.636624.6888
36.24931.2187-0.26335.1803-0.70612.871-0.11810.4878-0.8115-0.41550.1560.18420.3879-0.3805-0.04520.20060.0166-0.03870.4301-0.08720.3983-49.6085-11.01511.4822
43.21531.5550.08465.939-0.03281.40190.0360.07530.1687-0.2485-0.21030.2484-0.2621-0.2940.15970.20230.08-0.00950.3644-0.01410.1887-50.83156.872811.1811
53.4448-0.7543-0.04540.8690.7081.50080.0058-0.0061-0.1950.0145-0.09540.19220.2307-0.6360.07940.1761-0.08490.00530.33830.01020.2114-30.5142-22.068314.1459
62.81020.42351.32921.08210.46993.28990.06390.2408-0.2509-0.0359-0.0081-0.01290.18810.3296-0.09730.140.00890.02820.15970.0010.1668-3.8232-26.43975.8002
70.2976-0.4078-0.22631.40550.09960.70220.0168-0.05020.1382-0.021-0.04190.10260.0018-0.0920.02290.1224-0.0219-0.00710.2869-0.00530.1303-12.5953-18.19644.992
81.6072-2.7464-0.38967.95594.2595.43450.16380.22530.3187-0.1013-0.0314-0.4796-0.1845-0.0046-0.14150.1583-0.02970.05930.31660.06540.1825-17.0218-7.20790.6973
93.6399-1.6682-3.08312.3222.8088.9380.40620.09520.3949-0.3681-0.0675-0.2742-0.55740.1341-0.34940.22570.01930.05290.18550.01850.2246-15.4815-1.15080.6668
101.5092-1.1936-0.54411.66640.14360.94050.0165-0.02280.01360.0199-0.00330.06250.0148-0.1373-0.02360.1515-0.0371-0.00230.27670.00450.1531-18.56-18.78349.924
111.6627-0.1489-0.29116.86791.62071.28740.0747-0.23990.05850.2707-0.09750.08570.0961-0.00040.03420.1166-0.0203-0.00160.29850.00140.1094-7.0115-18.665822.1527
126.0422-0.5277-0.43860.27840.2230.23020.0264-0.23510.48670.07130.11940.0086-0.04260.0497-0.14340.17360.02080.01880.3194-0.04580.2328-19.5598-5.437523.9688
130.2240.1449-0.5281.2127-0.75252.276-0.052-0.10360.10570.04770.0597-0.0616-0.00840.0816-0.0090.1167-0.0144-0.00830.2813-0.03560.1565-2.3427-13.104320.4788
140.1572-0.62840.65063.4998-1.43983.99740.04080.00940.1355-0.1029-0.1118-0.3172-0.17380.24930.09530.0465-0.00650.06210.33630.00150.21964.5526-9.089115.3218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 29 )A2 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 159 )A30 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 202 )A160 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 203 through 268 )A203 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 37 )B2 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 70 )B38 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 71 through 113 )B71 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 114 through 141 )B114 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 142 through 165 )B142 - 165
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 166 through 220 )B166 - 220
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 221 through 269 )B221 - 269
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 270 through 301 )B270 - 301
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 302 through 364 )B302 - 364
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 397 )B365 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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