PDB-6xmb: Structure of an anophensin from Anopheles stephensi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xmb

タイトル

Structure of an anophensin from Anopheles stephensi

要素

Anophensin

キーワード

PROTEIN BINDING / Inhibitor / complement / alternative pathway / C3bBb / contact pathway

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / gSG7 salivary protein

機能・相同性情報

生物種

Anopheles stephensi (ハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Strayer, E. / Lu, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Salivary complement inhibitors from mosquitoes: Structure and mechanism of action.
著者: Strayer, E.C. / Lu, S. / Ribeiro, J. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2020年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model / _struct.title
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xmb.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xmb.ent.gz	119.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xmb_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xmb_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	6xmb_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	6xmb_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xkeC 6xl7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b04-2 1r17-2 5nfi-d 4fzm-d 6ulv-1 4gpv-2 5lb7-d 4qjh-3 3msp-d 5znp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anophensin

B: Anophensin

C: Anophensin

41.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anophensin

B: Anophensin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Anophensin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.280, 82.360, 71.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Anophensin 分子量: 13878.906 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 23-142 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles stephensi (ハマダラカ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A5HUP6
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 7% PEG10000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→35.71 Å / Num. obs: 18055 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.886 % / B_iso Wilson estimate: 60.396 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 19.44 / Num. measured all: 142373 / Scaling rejects: 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.31-2.37	7.868	0.577	4.12	10299	1309	1309	0.951	0.618	100
2.37-2.44	7.805	0.506	4.65	9866	1264	1264	0.959	0.542	100
2.44-2.51	7.814	0.396	5.53	9767	1250	1250	0.981	0.425	100
2.51-2.58	7.812	0.297	7.22	9546	1222	1222	0.984	0.318	100
2.58-2.67	7.79	0.258	8.06	9208	1182	1182	0.989	0.277	100
2.67-2.76	7.909	0.184	10.59	8771	1109	1109	0.994	0.197	100
2.76-2.87	8.09	0.152	12.56	8948	1106	1106	0.994	0.163	100
2.87-2.98	8.172	0.112	15.74	8703	1065	1065	0.997	0.119	100
2.98-3.11	8.174	0.1	17.84	8280	1013	1013	0.998	0.107	100
3.11-3.27	8.155	0.079	21.4	7927	973	972	0.998	0.085	99.9
3.27-3.44	8.128	0.063	26.91	7624	938	938	0.998	0.067	100
3.44-3.65	8.082	0.053	31.34	7088	877	877	0.998	0.056	100
3.65-3.9	7.944	0.047	34.31	6657	838	838	0.998	0.051	100
3.9-4.22	7.917	0.046	36.7	6231	787	787	0.998	0.049	100
4.22-4.62	7.865	0.04	39.55	5647	718	718	0.998	0.043	100
4.62-5.17	7.753	0.041	39.47	5187	669	669	0.999	0.044	100
5.17-5.96	7.701	0.04	38.87	4482	582	582	0.999	0.043	100
5.96-7.31	7.435	0.043	39.09	3740	503	503	0.997	0.046	100
7.31-10.33	7.241	0.039	41.02	2947	407	407	0.998	0.042	100
10.33-35.71	5.963	0.056	36.83	1455	248	244	0.995	0.062	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.31→35.71 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 33.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	901	5.26 %
R_work	0.2287	16241	-
obs	0.2305	17142	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.59 Å² / B_iso mean: 61.8948 Å² / B_iso min: 30.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.31→35.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2727	0	0	0	2727
残基数	-	-	-	-	349

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.31-2.45	0.3244	137	0.2744	2407	2544	87
2.45-2.64	0.3067	125	0.2807	2561	2686	91
2.64-2.91	0.3993	128	0.2939	2708	2836	95
2.91-3.33	0.3272	140	0.2823	2778	2918	98
3.33-4.2	0.2752	174	0.2268	2832	3006	99
4.2-35.71	0.2032	197	0.1879	2955	3152	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3014	-0.061	0.0881	0.0014	-0.0623	0.2343	0.4667	-0.2365	-0.5576	0.3124	-0.239	-0.2326	0.2351	0.0013	0.0009	0.3638	-0.006	-0.0509	0.3262	0.0338	0.3748	2.3181	6.5003	-27.0009
2	1.0607	0.1654	0.0546	1.5082	-1.4179	2.2352	-0.3473	0.1897	0.8217	-0.4769	-0.1373	0.4494	-0.3965	-0.0098	-0.0003	0.4987	0.0194	-0.1199	0.3872	0.0072	0.4993	8.3626	19.3865	-29.9643
3	0.5278	0.5189	0.032	0.7813	-0.2635	1.1535	0.3951	-0.3676	-0.8332	0.3932	-0.0081	-0.1637	0.1045	-0.1312	0.0141	0.3773	0.0678	-0.0361	0.3822	-0.0283	0.4475	-6.7923	6.7578	-22.7347
4	1.3201	-0.0389	0.1055	2.1244	0.6455	0.5042	-0.5462	0.0419	0.779	-0.1504	0.2517	0.7134	-0.3608	0.0419	-0.0027	0.439	0.0564	-0.0346	0.4483	-0.0776	0.5797	-16.4832	12.8773	-30.0177
5	0.0636	0.1577	0.0866	1.5143	0.6557	0.283	0.2317	0.6707	0.3115	0.0372	-0.2662	0.1061	0.049	0.028	0.0098	0.4154	-0.0404	0.0112	0.5921	0.1029	0.5413	-4.9896	-3.1826	-11.7858
6	0.6664	-0.0717	0.7577	0.652	-0.6404	1.3875	-0.4232	-0.9613	-0.2135	1.189	0.3102	0.4303	0.2414	-0.169	-0.0048	0.8322	0.0306	0.1906	0.7606	-0.0389	0.5342	-11.9227	-3.9599	-1.2409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 58 )	A	2 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 119 )	A	59 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 3 through 58 )	B	3 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 120 )	B	59 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 5 through 58 )	C	5 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 59 through 118 )	C	59 - 118

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