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- PDB-6x1g: Crystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1g
タイトルCrystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB in complex with Rac1
要素
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • ULP_PROTEASE domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/HYDROLASE / guanine nucleotide exchange factor / GEF / Rac1 / GTPase / Orientia tsutsugamushi / scrub typhus / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation ...embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / interneuron migration / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / kinocilium / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / cochlea morphogenesis / Inactivation of CDC42 and RAC1 / regulation of neuron maturation / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / GTP-dependent protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / ruffle organization / epithelial cell morphogenesis / cell projection assembly / positive regulation of bicellular tight junction assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / regulation of neuron migration / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / motor neuron axon guidance / cell-cell junction organization / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / RHO GTPases activate KTN1 / positive regulation of neutrophil chemotaxis / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Azathioprine ADME / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / hyperosmotic response / positive regulation of cell-substrate adhesion / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of ruffle assembly / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / lamellipodium assembly / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / dendrite morphogenesis / regulation of cell size / positive regulation of Rho protein signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / establishment or maintenance of cell polarity / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of actin filament polymerization / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / pericentriolar material / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of postsynapse assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / anatomical structure morphogenesis / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of synaptic vesicle endocytosis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / RHO GTPases activate IQGAPs / phagocytic cup / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of stress fiber assembly / actin filament polymerization
類似検索 - 分子機能
: / RickCE-like, catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...: / RickCE-like, catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protease family profile domain-containing protein / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Orientia tsutsugamushi (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lim, C.S. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE1122492 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor encoded by the scrub typhus pathogen Orientia tsutsugamushi .
著者: Lim, C. / Berk, J.M. / Blaise, A. / Bircher, J. / Koleske, A.J. / Hochstrasser, M. / Xiong, Y.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ULP_PROTEASE domain-containing protein
C: ULP_PROTEASE domain-containing protein
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4855
ポリマ－91,4604
非ポリマー241
水5,603311
1
A: ULP_PROTEASE domain-containing protein
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7302
ポリマ－45,7302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
2
C: ULP_PROTEASE domain-containing protein
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7543
ポリマ－45,7302
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.063, 54.160, 94.004
Angle α, β, γ (deg.)83.370, 76.340, 62.520
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA547 - 7621 - 216
21CB547 - 7621 - 216
12BC1 - 1781 - 178
22DD1 - 1781 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 ULP_PROTEASE domain-containing protein


分子量: 25190.531 Da / 分子数: 2 / 断片: GEF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orientia tsutsugamushi (バクテリア)
株: Ikeda / 遺伝子: OTT_1962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CVM3
#2: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Rac1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 20539.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000, small monomeric GTPase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9.5 / 詳細: 25 mM CHES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 92107 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.348 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 151064
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.631.60.73145100.2950.7311.0331.09180.2
1.63-1.661.60.66644370.350.6660.9421.0678.9
1.66-1.691.60.62245760.3980.6220.881.05780.8
1.69-1.721.60.52744490.5240.5270.7460.98879.2
1.72-1.761.60.41345120.6380.4130.5840.99880.1
1.76-1.81.60.38942680.6830.3890.551.01375.3
1.8-1.851.60.29742150.8020.2970.4210.99775
1.85-1.91.60.23447400.870.2340.3311.06784.6
1.9-1.951.60.18147240.9130.1810.2551.09183.5
1.95-2.021.70.13946520.9510.1390.1971.06582.2
2.02-2.091.70.10746220.9710.1070.1511.22581.5
2.09-2.171.60.08943160.9780.0890.1261.2676.8
2.17-2.271.70.07646140.9120.0760.1081.56682.1
2.27-2.391.70.05748770.990.0570.081.46386.7
2.39-2.541.70.05248350.990.0520.0731.55486
2.54-2.741.70.04546730.9910.0450.0641.67782.8
2.74-3.011.70.03946170.9930.0390.0551.87581.7
3.01-3.451.70.03249420.9950.0320.0451.86987.8
3.45-4.341.70.02945930.9960.0290.0411.97981.5
4.34-501.70.02549350.9960.0250.0351.49587.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FOE

1foe


解像度: 1.6→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.743 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 4663 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.1828 87425 81.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.29 Å2 / Biso mean: 45.588 Å2 / Biso min: 20.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.29 Å2-0.22 Å2
2---0.37 Å2-0.05 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 1 311 6578
Biso mean--66.92 39.74 -
残基数----788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.6398616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5171.58214084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0235784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41423.827324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.429151192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4821530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021232
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A6976
12C6976
21B5654
22D5654
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.638 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 318 -
Rwork0.368 6162 -
obs--77.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2043-0.59960.09361.1698-0.03190.9931-0.0163-0.0570.15740.1722-0.0253-0.0803-0.06260.02750.04160.0583-0.0345-0.00370.0974-0.0050.037721.10826.98445.848
21.01510.38740.00241.07210.00950.85380.02230.0548-0.1322-0.1463-0.0243-0.03850.05290.00820.0020.05750.01370.00510.1012-0.00850.0265-3.943.601-14.25
30.3790.0554-0.12880.71940.5171.7851-0.02190.01820.0094-0.0829-0.0452-0.03150.12010.00790.06710.0644-0.01120.02230.09960.01930.027819.72516.19225.161
40.4997-0.14230.13250.68320.47831.7136-0.0132-0.0190.00270.0876-0.032-0.0434-0.1136-0.00340.04520.0657-0.0086-0.00950.10040.01370.0237-5.27814.4386.336
50.08540.01640.11470.0560.08270.24390.0007-0.00480.0161-0.0038-0.03450.009-0.0074-0.01980.03390.0397-0.00930.00590.05520.00060.00644.17114.36813.91
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A547 - 762
2X-RAY DIFFRACTION2C548 - 762
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5A801 - 871
6X-RAY DIFFRACTION5B202 - 274
7X-RAY DIFFRACTION5C901 - 987
8X-RAY DIFFRACTION5D202 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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