PDB-6wt2: Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wt2

タイトル

Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from Neisseria meningitidis

要素

Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Chloramphenicol / Antibiotic Resistant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens.
著者: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wt2.cif.gz	456.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wt2.ent.gz	312.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rzlC 7rzpC 7s14C 7s1aC 2hayS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jra-d 1mu9-1 6dhu-2 6x85-1 6xiz-2 6ooz-d 1nop-1 6evg-d 4ohj-1 6xiz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97907

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

B: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

C: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

D: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

B: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

D: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.556, 70.167, 85.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.961, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase 分子量: 25470.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (髄膜炎菌) 株: Z2491 / 遺伝子: NMA1015 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A0U1RIB4

#1: タンパク質

Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase

分子量: 25470.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (髄膜炎菌)
株: Z2491 / 遺伝子: NMA1015 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A0U1RIB4

-
非ポリマー , 6種, 439分子

#2: 化合物	ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID 分子量: 123.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 96271 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 21.98 Å² / CC_1/2: 0.964 / R_merge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 4791 / CC_1/2: 0.616 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2HAY

2hay

解像度: 1.75→45.17 Å / SU ML: 0.2477 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.0201

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	4821	5.03 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1939	95837	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7096	0	51	424	7571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	7477
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8272	10143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.369	4462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3787	130	0.3539	2758	X-RAY DIFFRACTION	89.47
1.77-1.79	0.3591	147	0.3557	2997	X-RAY DIFFRACTION	96.26
1.79-1.81	0.3544	166	0.3359	2940	X-RAY DIFFRACTION	96.7
1.81-1.84	0.3346	154	0.3129	2948	X-RAY DIFFRACTION	97.49
1.84-1.86	0.3077	184	0.2927	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.86-1.89	0.3229	126	0.2751	3073	X-RAY DIFFRACTION	98.95
1.89-1.91	0.3034	159	0.2701	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.91-1.94	0.2844	151	0.2483	3055	X-RAY DIFFRACTION	99.16
1.94-1.97	0.2749	157	0.237	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.97-2.01	0.2749	129	0.2284	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.01-2.04	0.2392	167	0.225	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.04-2.08	0.2831	137	0.2229	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.08-2.12	0.2697	206	0.2202	2993	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.12-2.16	0.2387	153	0.2132	3030	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.16-2.21	0.2396	186	0.2011	2973	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.21-2.26	0.2335	205	0.1884	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.26-2.32	0.2538	174	0.1872	3051	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.32-2.38	0.2539	175	0.1912	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.38-2.45	0.2325	170	0.1912	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.45-2.53	0.2085	162	0.1831	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.53-2.62	0.204	145	0.1778	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.62-2.72	0.2594	132	0.1778	3032	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.72-2.85	0.2197	173	0.1878	3035	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.85-3	0.233	133	0.1883	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3-3.18	0.2062	173	0.1855	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.18-3.43	0.1548	120	0.1738	3098	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.43-3.77	0.178	178	0.161	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.77-4.32	0.1538	177	0.1451	3051	X-RAY DIFFRACTION	98.38
4.32-5.44	0.172	176	0.1443	3106	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.44-45.17	0.2014	176	0.1789	3119	X-RAY DIFFRACTION	98.09

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.89687207799	2.64006362686	0.882271877168	4.14296100042	1.51931982142	2.4037101013	0.0233047896947	-0.364641451708	-0.26447374105	0.17341910703	-0.0424531357247	-0.143616246764	0.0384977581042	0.111348348423	-0.0052336018312	0.20725069204	0.0817587004915	-0.00240959819026	0.268321415419	0.0624261109578	0.262874879119	47.9522831951	-4.18170993423	34.7530977856
2	0.844408672636	0.678843510252	-0.214839948045	0.673069708721	-0.275429321843	0.483208119447	0.0130362475317	0.0670781647178	-0.0998951610584	-0.0392127927035	0.0426588755453	0.106986948225	0.0517296823342	-0.0481243898778	-0.0600091268127	0.191693032209	0.0899358410004	-0.00790868080174	0.240569476257	-0.0363729753632	0.297755943099	35.9873520925	1.71136592946	18.948966856
3	6.32829861451	-4.80144430939	-2.45441165265	3.78321092764	1.77052516861	5.25223855454	0.347444255217	0.225186089937	0.199873337148	-0.308181132225	-0.0430885780265	-0.573715530005	0.108231524196	-0.164240702733	-0.258260582301	0.217213021726	0.0538814420652	0.0214901337932	0.232705058926	0.0276858236289	0.336048642025	43.7245388586	21.5057381405	7.26352749686
4	1.06308689578	0.0828134613005	0.99080624332	1.88640827041	-3.46163020706	7.40932858789	-0.217790828757	0.0223195065308	-0.0811793794457	-0.0417877845737	-0.15482770185	-0.236147460276	-0.0490022313515	0.109887883326	0.357838907505	0.206322192336	0.0877407461022	-0.0038457029284	0.187524504565	-0.027983586428	0.308482110957	44.9343204769	3.3976390213	17.4518056059
5	1.79885741035	0.361127412776	-0.0255475119519	0.695286578316	-0.130721516008	0.43253288035	-0.0187317514445	-0.0160262150131	-0.121202699548	-0.0309875745991	-0.0194538839447	-0.0205399975337	0.00493074451553	0.00908275741983	0.0272320150617	0.221259070609	0.0893078454248	-0.0122920812603	0.194013704471	-0.0405733341393	0.31358626329	44.8533248196	-5.64269731804	19.0071586783
6	3.27637386585	1.62519286868	-0.250180892916	3.61537087489	-4.56701292988	7.04355404767	0.124257160025	-0.398518266582	0.149585485696	0.602321379667	-0.142891762517	-0.00964862497304	-0.243838736568	-0.388466948786	0.0294080423977	0.341563509012	0.0585047086106	-0.0107113356768	0.353595444136	-0.0559257504513	0.29762643491	43.9861861138	3.47341337356	38.8002707321
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29	1.2101268804	-0.141818435998	-0.142836983884	1.84649708344	-2.32330841328	4.03684817714	-0.140351571248	-0.124874936178	-0.0943957383766	-0.0567568365329	-0.0295388104659	-0.03645605857	0.371357631272	0.14226514259	0.202577570284	0.204332165284	0.0951373088927	1.74312310323E-5	0.224046584095	-0.0413393810436	0.195451244252	4.10790587577	-30.6883152648	24.9117539515
30	1.01574650238	0.312242469489	-0.190970910124	0.536891359794	-0.123857752003	1.16174634805	0.0711220678471	-0.115173883813	0.123597236696	0.0336497891379	0.00683270723597	0.0657847412179	-0.136731196777	-0.117651699225	-0.0835664832935	0.185124511366	0.102583266825	0.00414997930034	0.241274233558	-0.0192162641089	0.387156453426	-4.10523777151	-21.8328159517	28.8412053089
31	4.65443749258	-1.21407386399	1.04218513784	2.93447384582	-0.738541544794	0.797033040374	0.202090301318	0.554330043528	0.7122824162	-0.25688970173	-0.395558835867	-0.340649050697	0.185510673477	0.241988668853	0.203440842222	0.235804758046	0.0947120037448	0.056787228615	0.250471889608	-0.00571787063457	0.197573709914	18.6005995566	-21.8416827614	15.6189822196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 160 through 221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 70 through 81 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 82 through 96 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 97 through 110 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 111 through 134 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 135 through 159 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 160 through 200 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 201 through 221 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 16 through 69 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 70 through 96 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 97 through 110 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 111 through 134 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 135 through 159 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 160 through 200 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 201 through 221 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 15 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 16 through 69 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 70 through 96 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 97 through 110 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 111 through 134 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 135 through 160 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 161 through 200 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 201 through 221 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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