PDB-6wla: Antigen binding fragment of ch128.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wla

タイトル

Antigen binding fragment of ch128.1

要素

Fab ch128.1 heavy chain
Fab ch128.1 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Anti-huTfR1

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Helguera, G. / Rodriguez, J.A. / Sawaya, M. / Cascio, D. / Zink, S. / Ziegenbein, J. / Short, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Host receptor-targeted therapeutic approach to counter pathogenic New World mammarenavirus infections.
著者: Hickerson, B.T. / Daniels-Wells, T.R. / Payes, C. / Clark, L.E. / Candelaria, P.V. / Bailey, K.W. / Sefing, E.J. / Zink, S. / Ziegenbein, J. / Abraham, J. / Helguera, G. / Penichet, M.L. / Gowen, B.B.

履歴

登録	2020年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wla.cif.gz	258 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wla.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wla_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wla_full_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示
XML形式データ	6wla_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	6wla_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kfa-2 7dun-d 3eo0-2 1e6o-d 5gz0-2 4r7n-5 6ug8-d 6df2-2 5nyx-2 4yhn-2 4r4b-4 4kaq-d 1uwe-3 5vr9-1 3fct-1 6df2-1 5h2b-d 5t78-1 1yy8-2 4kk5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H1: Fab ch128.1 heavy chain

L1: Fab ch128.1 light chain

H2: Fab ch128.1 heavy chain

H3: Fab ch128.1 heavy chain

L3: Fab ch128.1 light chain

L2: Fab ch128.1 light chain

ヘテロ分子

141 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H1: Fab ch128.1 heavy chain

L1: Fab ch128.1 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: immunoprecipitation
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H2: Fab ch128.1 heavy chain

L2: Fab ch128.1 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

H3: Fab ch128.1 heavy chain

L3: Fab ch128.1 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.270, 126.270, 94.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: 抗体	Fab ch128.1 heavy chain 分子量: 23495.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab ch128.1 light chain 分子量: 23276.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1M Lithium chloride, 0.1 Citric acid pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→63.13 Å / Num. obs: 51879 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.294 % / B_iso Wilson estimate: 55.576 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 11.31 / Num. measured all: 274668

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	5.279	1.277	1.5	19935	3847	3776	0.539	1.416	98.2
2.67-2.74	5.507	1.049	1.94	20999	3816	3813	0.675	1.159	99.9
2.74-2.82	5.441	0.86	2.32	19757	3636	3631	0.741	0.952	99.9
2.82-2.91	5.37	0.689	2.96	19006	3545	3539	0.817	0.764	99.8
2.91-3	5.244	0.549	3.67	18050	3443	3442	0.869	0.611	100
3-3.11	5.358	0.424	4.87	17602	3290	3285	0.922	0.471	99.8
3.11-3.22	5.313	0.327	6.22	17282	3258	3253	0.958	0.363	99.8
3.22-3.36	5.205	0.25	7.88	15933	3072	3061	0.971	0.278	99.6
3.36-3.5	5.054	0.188	9.84	15080	2993	2984	0.98	0.21	99.7
3.5-3.68	4.573	0.14	12.09	12507	2772	2735	0.985	0.159	98.7
3.68-3.87	5.358	0.122	15.02	14317	2678	2672	0.992	0.136	99.8
3.87-4.11	5.556	0.097	18.53	14328	2582	2579	0.994	0.107	99.9
4.11-4.39	5.463	0.075	22.39	13045	2389	2388	0.995	0.083	100
4.39-4.75	5.392	0.066	24.89	12061	2239	2237	0.996	0.073	99.9
4.75-5.2	5.316	0.066	24.66	10765	2029	2025	0.997	0.074	99.8
5.2-5.81	5.38	0.068	23.61	9974	1856	1854	0.996	0.075	99.9
5.81-6.71	5.091	0.065	22.04	8252	1622	1621	0.996	0.073	99.9
6.71-8.22	5.057	0.053	25.56	6746	1378	1334	0.997	0.059	96.8
8.22-11.62	5.533	0.036	35.51	5904	1069	1067	0.999	0.04	99.8
11.62-63.13	5.36	0.034	35.99	3125	584	583	0.999	0.038	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_3724	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: fixed/fixed.pdb

解像度: 2.6→63.13 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2581	5185	10 %
R_work	0.2072	-	-
obs	0.2124	51861	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.84 Å² / B_iso mean: 57.8753 Å² / B_iso min: 24.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→63.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9848	0	54	122	10024
B_iso mean	-	-	59.33	53.6	-
残基数	-	-	-	-	1290

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.3251	170	0.2828	1525	1695	96
2.63-2.66	0.3215	172	0.269	1551	1723	100
2.66-2.69	0.3695	172	0.2658	1551	1723	100
2.69-2.73	0.3267	173	0.2612	1557	1730	100
2.73-2.76	0.3354	174	0.2766	1572	1746	100
2.76-2.8	0.3569	171	0.2742	1538	1709	100
2.8-2.84	0.3149	173	0.2783	1562	1735	100
2.84-2.88	0.3518	178	0.2552	1606	1784	100
2.88-2.93	0.3388	172	0.2468	1545	1717	100
2.93-2.98	0.3008	173	0.2423	1556	1729	100
2.98-3.03	0.3447	173	0.2251	1561	1734	100
3.03-3.08	0.31	176	0.2324	1583	1759	100
3.08-3.14	0.3186	170	0.2309	1526	1696	100
3.14-3.2	0.2786	174	0.2217	1569	1743	100
3.21-3.27	0.2624	175	0.2227	1572	1747	100
3.27-3.35	0.3083	169	0.2232	1528	1697	100
3.35-3.43	0.2909	173	0.2319	1556	1729	100
3.44-3.53	0.2491	174	0.2041	1564	1738	100
3.53-3.63	0.24	170	0.2085	1524	1694	98
3.63-3.75	0.27	175	0.1912	1582	1757	100
3.75-3.88	0.2469	171	0.2042	1537	1708	100
3.88-4.04	0.2577	175	0.1986	1573	1748	100
4.04-4.22	0.2731	175	0.1993	1573	1748	100
4.22-4.44	0.2326	170	0.1829	1534	1704	100
4.44-4.72	0.2207	173	0.1766	1560	1733	100
4.72-5.09	0.2233	176	0.1842	1581	1757	100
5.09-5.6	0.2339	172	0.1976	1549	1721	100
5.6-6.41	0.2322	174	0.1987	1564	1738	100
6.41-8.07	0.2239	168	0.2044	1517	1685	98
8.08-63.13	0.1742	174	0.1644	1560	1734	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)