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万見
- PDB-6w6w: Cryo-EM structure of CST bound to telomeric single-stranded DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w6w
タイトルCryo-EM structure of CST bound to telomeric single-stranded DNA
要素
  • CST complex subunit CTC1
  • CST complex subunit STN1
  • CST complex subunit TEN1
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*G)-3')
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / Telomere homeostasis / telomere packaging / telomerase terminator / DNA replication / Double-stranded breaks repair / single-stranded DNA-binding proteins / higher-order protein assembly / DNA-induced oligomeriization / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / telomerase inhibitor activity / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / single-stranded telomeric DNA binding / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / bone marrow development / intermediate filament cytoskeleton ...CST complex / telomerase inhibitor activity / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / single-stranded telomeric DNA binding / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / bone marrow development / intermediate filament cytoskeleton / hematopoietic stem cell proliferation / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / replicative senescence / spleen development / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / thymus development / positive regulation of DNA replication / multicellular organism growth / fibrillar center / positive regulation of fibroblast proliferation / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like ...CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit TEN1 / CST complex subunit STN1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lim, C. / Barbour, A.T. / Zaug, A.J. / Goodrich, K.J. / McKay, A.E. / Wuttke, D.S. / Cech, T.R.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Tom Cech HHMI Investigator 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM099705 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM059414 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM131023 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1716425 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008759 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: The structure of human CST reveals a decameric assembly bound to telomeric DNA.
著者: Ci Ji Lim / Alexandra T Barbour / Arthur J Zaug / Karen J Goodrich / Allison E McKay / Deborah S Wuttke / Thomas R Cech /
要旨: The CTC1-STN1-TEN1 (CST) complex is essential for telomere maintenance and resolution of stalled replication forks genome-wide. Here, we report the 3.0-angstrom cryo-electron microscopy structure of ...The CTC1-STN1-TEN1 (CST) complex is essential for telomere maintenance and resolution of stalled replication forks genome-wide. Here, we report the 3.0-angstrom cryo-electron microscopy structure of human CST bound to telomeric single-stranded DNA (ssDNA), which assembles as a decameric supercomplex. The atomic model of the 134-kilodalton CTC1 subunit, built almost entirely de novo, reveals the overall architecture of CST and the DNA-binding anchor site. The carboxyl-terminal domain of STN1 interacts with CTC1 at two separate docking sites, allowing allosteric mediation of CST decamer assembly. Furthermore, ssDNA appears to staple two monomers to nucleate decamer assembly. CTC1 has stronger structural similarity to Replication Protein A than the expected similarity to yeast Cdc13. The decameric structure suggests that CST can organize ssDNA analogously to the nucleosome's organization of double-stranded DNA.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21567
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21567
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CST complex subunit CTC1
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*G)-3')
B: CST complex subunit CTC1
C: CST complex subunit STN1
D: CST complex subunit TEN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,0766
ポリマ－335,0105
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CST complex subunit CTC1 / Conserved telomere maintenance component 1 / HBV DNAPTP1-transactivated protein B


分子量: 136745.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTC1, C17orf68 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2NKJ3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 1230.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 CST complex subunit STN1 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 1 / Suppressor of cdc thirteen homolog


分子量: 43001.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STN1, OBFC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H668
#4: タンパク質 CST complex subunit TEN1 / Protein telomeric pathways with STN1 homolog / Telomere length regulation protein TEN1 homolog


分子量: 17285.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEN1, C17orf106 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86WV5
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CST complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 833627 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
15W2L

5w2l

A1
24JOI

4joi

A1
34JOI

4joi

C1
44JQF

4jqf

A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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