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- PDB-5iso: STRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iso | ||||||
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Title | STRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP) IN COMPLEX WITH A SMALL MOLECULE ACTIVATOR, A BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE (991) | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ACTIVATOR / NON-PHOSPHORYLATION | ||||||
Function / homology | ![]() [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / protein localization to lipid droplet / negative regulation of TOR signaling / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / lipid biosynthetic process / cAMP-dependent protein kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / positive regulation of protein localization / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of circadian rhythm / ADP binding / Wnt signaling pathway / fatty acid biosynthetic process / autophagy / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / axon / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / chromatin binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, B. / Hubbard, J.A. / Gamblin, S.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: STRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP) IN COMPLEX WITH A SMALL MOLECULE ACTIVATOR, A BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE (991) Authors: Xiao, B. / Hubbard, J.A. / Gamblin, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cfeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 62408.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, [acetyl-CoA carboxylase] kinase, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase |
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-5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2 types, 4 molecules BDEF
#2: Protein | Mass: 32448.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: B 108 SER is phosphorylated, and renamed to SEP. THE 16 RESIDUES (MGLNDIFEAQKIEWHE) AT THE N-TERMINAL OF BETA-1 ARE EXPRESSION TAG Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 37626.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 90 molecules ![](data/chem/img/STU.gif)
![](data/chem/img/992.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/992.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-AMP / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.79 % / Description: rods like |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 12% PEG3350, 300 mM Guanidine in 100mM PIPES buffer at pH 7.2. PH range: 7.0-7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.63→47.37 Å / Num. obs: 78641 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.2 % / Net I/σ(I): 14.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4CFE Resolution: 2.63→19.974 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→19.974 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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