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Yorodumi- PDB-4cfe: Structure of full length human AMPK in complex with a small molec... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cfe | ||||||
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Title | Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a benzimidazole derivative (991) | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / STAUROSPORINE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ACTIVATOR / CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM) | ||||||
Function / homology | Function and homology information nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / protein kinase regulator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / Carnitine metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / protein localization to lipid droplet / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / lipid biosynthetic process / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / AMP-activated protein kinase activity / positive regulation of protein localization / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / cellular response to nutrient levels / positive regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / ADP binding / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / autophagy / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / positive regulation of cold-induced thermogenesis / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / axon / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / neuronal cell body / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.023 Å | ||||||
Authors | Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2013 Title: Structural Basis of Ampk Regulation by Small Molecule Activators. Authors: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cfe.cif.gz | 761 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cfe.ent.gz | 620 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cfe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cfe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4cffC 2f15S 2y94 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 64650.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A 172 THR AND C 172 THR ARE PHOSPHORYLATED. / Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) References: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, [acetyl-CoA carboxylase] kinase, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase |
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-5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2 types, 4 molecules BDEF
#2: Protein | Mass: 32448.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: B 108 SER AND D 108 SER ARE PHOSPHORYLATED. / Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q9Y478 #3: Protein | Mass: 37626.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: P54619 |
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-Non-polymers , 4 types, 41 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-AMP / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSSGLEVLFQGP) AT THE N-TERMINAL OF ALPHA-2 ARE EXPRESSION TAG. THE 16 ...THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop Details: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 13% PEG3350, 0.1M MGCL2, 1% GLUCOSE, 0.15% CAPB IN 0.1M IMIDAZOLE AT PH 6.2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 |
Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.02→30 Å / Num. obs: 50545 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 96.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 3.02→3.21 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 2Y94, 2F15 Resolution: 3.023→19.914 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.51 / Stereochemistry target values: ML Details: K SOL IS K_OVERALL B SOL IS B_OVERALL NCS RESIDUES D189-D194 AND B190-D193: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY TO BUILD SIDE CHAINS. PRESENT AS A GUIDE TO VISUALISE THE DIRECTION OF THE LOOP THAT ...Details: K SOL IS K_OVERALL B SOL IS B_OVERALL NCS RESIDUES D189-D194 AND B190-D193: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY TO BUILD SIDE CHAINS. PRESENT AS A GUIDE TO VISUALISE THE DIRECTION OF THE LOOP THAT LINKS CBM TO REGULATORY FRAGMENT
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.78 Å2 / ksol: 0.078 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.023→19.914 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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