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- PDB-3av0: Crystal structure of Mre11-Rad50 bound to ATP S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3av0
タイトルCrystal structure of Mre11-Rad50 bound to ATP S
要素(DNA double-strand break repair ...) x 2
キーワードRECOMBINATION / DNA repair / Calcineurin-like phosphoesterase / ABC transporter ATPase domain-like / DNA double-strand break repair / HerA-NurA complex / Nbs1 in eukaryotes
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain ...Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ISOPROPYL ALCOHOL / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lim, H.S. / Kim, J.S. / Cho, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Mre11-Rad50-ATP S Complex: Understanding the Interplay between Mre11 and Rad50
著者: Lim, H.S. / Kim, J.S. / Park, Y.B. / Gwon, G.H. / Cho, Y.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA double-strand break repair protein mre11
B: DNA double-strand break repair rad50 ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,95312
ポリマ－87,7612
非ポリマー1,19210
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.958, 147.129, 175.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA double-strand break repair ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA double-strand break repair protein mre11


分子量: 45370.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease domain (UNP RESIDUES 1-313) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rad50, MJ1322 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58719
#2: タンパク質 DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Rad50 ABC-ATPase


分子量: 42389.930 Da / 分子数: 1 / 断片: ABC ATPase domain (UNP RESIDUES 1-190, 825-1005) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of residues 1-190 and residues 825-1005
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rad50, MJ1322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58718

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非ポリマー , 6種, 30分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10 % PEG 3350, 0.1M ADA pH6.2, 0.1M Lithium sulfate, 2% iso-propanol, 5% Acetonitrile , 1mM ATP, 5mM magnessium chloride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日
放射モノクロメーター: Si 4-channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 20290 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(Phenix.AuroMR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1II7, 3AUY

1ii7

3auy


解像度: 3.1→29.318 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 1961 9.66 %random
Rwork0.2144 ---
all0.2205 20837 --
obs0.2205 20290 97.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.401 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9147 Å2-0 Å20 Å2
2---14.4584 Å2-0 Å2
3---16.3731 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6001 0 73 20 6094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3988288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2062399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051054
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1001-3.21070.36941870.284164989
3.2107-3.33910.35571870.2691174295
3.3391-3.49090.36421960.253179997
3.4909-3.67460.2791940.2379182898
3.6746-3.90430.31151890.2262184598
3.9043-4.2050.28652020.2218182999
4.205-4.62660.27941930.1995187699
4.6266-5.29270.26062030.20541876100
5.2927-6.65540.30742020.21741901100
6.6554-29.31910.21642080.1904198499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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