[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5c3s: Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in com... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c3s | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in complex with alpha-KG and 5-formyluracil (5fU) | |||||||||||||||
![]() | Thymine dioxygenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / substrate C / DSBH fold | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() small molecule biosynthetic process / : / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi Authors: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 510.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 421.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 501.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 511 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5c3oSC ![]() 5c3pC ![]() 5c3qC ![]() 5c3rC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38538.242 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 Gene: NCU06416 / Plasmid: pET-28a / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 584 molecules ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/FYU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/FYU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | ChemComp-FYU / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.49 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M BIS-TRIS, 25%(W/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9199 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 69438 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.568 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 290491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5C3O Resolution: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.617 / SU ML: 0.134 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.203 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.2 Å2 / Biso mean: 34.027 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.158→2.213 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|