[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5c3r: Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c3r | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in complex with alpha-KG and 5-hydroxymethyluracil (5hmU) | |||||||||||||||
Components | Thymine dioxygenase | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / substrate B / DSBH fold | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information small molecule biosynthetic process / : / dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Neurospora crassa (fungus) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | |||||||||||||||
Authors | Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
| |||||||||||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi Authors: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c3r.cif.gz | 518.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5c3r.ent.gz | 426.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5c3r_validation.pdf.gz | 508.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5c3r_full_validation.pdf.gz | 518.3 KB | Display | |
Data in XML | 5c3r_validation.xml.gz | 51.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5c3r_validation.cif.gz | 72.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5c3oSC 5c3pC 5c3qC 5c3sC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38538.242 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neurospora crassa (fungus) Strain: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 Gene: NCU06416 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Codon Plus / References: UniProt: Q7RYZ9 |
---|
-Non-polymers , 5 types, 582 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | ChemComp-HMU / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.59 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M BIS-TRIS, 25%(W/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 53781 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.409 / Net I/av σ(I): 19.3 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 166072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5C3O Resolution: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.755 / SU ML: 0.149 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.21 Å2 / Biso mean: 30.573 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|