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Yorodumi- PDB-4cff: Structure of full length human AMPK in complex with a small molec... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4cff | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a thienopyridone derivative (A-769662) | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / STAUROSPORINE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ACTIVATOR / CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM) | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / histone H2BS36 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / histone H2BS36 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / negative regulation of tubulin deacetylation / AMP binding / Macroautophagy / cholesterol biosynthetic process / lipid biosynthetic process / response to muscle activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of macroautophagy / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to nutrient levels / cellular response to glucose starvation / energy homeostasis / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of glycolytic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / regulation of circadian rhythm / ADP binding / autophagy / cellular response to xenobiotic stimulus / Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / ciliary basal body / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / chromatin binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.924 Å | ||||||
Authors | Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2013Title: Structural Basis of Ampk Regulation by Small Molecule Activators. Authors: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4cff.cif.gz | 766.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4cff.ent.gz | 630.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4cff.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4cff_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4cff_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 4cff_validation.xml.gz | 64.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4cff_validation.cif.gz | 83.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cff | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4cfeC ![]() 2f15S ![]() 2y94 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AC
| #1: Protein | Mass: 64650.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A 172 THR AND C 172 THR ARE PHOSPHORYLATED. / Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() References: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase |
|---|
-5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2 types, 4 molecules BDEF
| #2: Protein | Mass: 32448.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: B 108 SER AND D 108 SER ARE PHOSPHORYLATED. / Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 37626.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 8 molecules 




| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-AMP / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop Details: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 13% PEG3350, 0.1M MGCL2, 1% GLUCOSE, 0.15% CAPB IN 0.1M IMIDAZOLE AT PH 6.2. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 |
| Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.92→20 Å / Num. obs: 23906 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 124.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.92→4.14 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 83 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRIES 2Y94, 2F15 Resolution: 3.924→19.934 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.64 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 87.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.924→19.934 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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