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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cfe | ||||||
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タイトル | Structure of full length human AMPK in complex with a small molecule activator, a benzimidazole derivative (991) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOTIDE-BINDING / STAUROSPORINE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ACTIVATOR / CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / protein kinase regulator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of TOR signaling / Carnitine metabolism / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / nucleotide-activated protein kinase complex / protein localization to lipid droplet / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of glycolytic process / lipid biosynthetic process / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / オートファジー / AMP-activated protein kinase activity / positive regulation of protein localization / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / cellular response to nutrient levels / positive regulation of macroautophagy / regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to glucose starvation / fatty acid homeostasis / positive regulation of autophagy / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of microtubule cytoskeleton organization / energy homeostasis / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / ADP binding / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of circadian rhythm / Wntシグナル経路 / オートファジー / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 精子形成 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / 神経繊維 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / 樹状突起 / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.023 Å | ||||||
データ登録者 | Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2013 タイトル: Structural Basis of Ampk Regulation by Small Molecule Activators. 著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Carmena, D. / Bright, N.J. / Haire, L.F. / Underwood, E. / Patel, B.R. / Heath, R.B. / Walker, P.A. / Hallen, S. / Giordanetto, F. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cfe.cif.gz | 761 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cfe.ent.gz | 620 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cfe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/4cfe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 64650.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A 172 THR AND C 172 THR ARE PHOSPHORYLATED. / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, [acetyl-CoA carboxylase] kinase, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase |
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-5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2種, 4分子 BDEF
#2: タンパク質 | 分子量: 32448.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: B 108 SER AND D 108 SER ARE PHOSPHORYLATED. / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y478 #3: タンパク質 | 分子量: 37626.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P54619 |
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-非ポリマー , 4種, 41分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-AMP / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSSGLEVLFQGP) AT THE N-TERMINAL OF ALPHA-2 ARE EXPRESSION TAG. THE 16 ...THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 13% PEG3350, 0.1M MGCL2, 1% GLUCOSE, 0.15% CAPB IN 0.1M IMIDAZOLE AT PH 6.2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.02→30 Å / Num. obs: 50545 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 96.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 3.02→3.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 2Y94, 2F15 解像度: 3.023→19.914 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: K SOL IS K_OVERALL B SOL IS B_OVERALL NCS RESIDUES D189-D194 AND B190-D193: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY TO BUILD SIDE CHAINS. PRESENT AS A GUIDE TO VISUALISE THE DIRECTION OF THE LOOP THAT ...詳細: K SOL IS K_OVERALL B SOL IS B_OVERALL NCS RESIDUES D189-D194 AND B190-D193: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY TO BUILD SIDE CHAINS. PRESENT AS A GUIDE TO VISUALISE THE DIRECTION OF THE LOOP THAT LINKS CBM TO REGULATORY FRAGMENT
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.78 Å2 / ksol: 0.078 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.023→19.914 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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