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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w46 | ||||||
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タイトル | Valine-Containing Collagen Peptide | ||||||
要素 | Collagen-like peptide | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Collagen / Triple Helix / CMP / Structural Protein | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Chenoweth, D.M. / Melton, S.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Rules for the design of aza-glycine stabilized triple-helical collagen peptides. 著者: Melton, S.D. / Brackhahn, E.A.E. / Orlin, S.J. / Jin, P. / Chenoweth, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w46.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w46.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w46_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w46_full_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w46_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w46_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w46 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2847.886 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Crystallization: 0.01 M Li2SO4 Monohydrate, 0.094 M Tris HCl, 30% PEG 4000 Cryoprotectant: 20% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9198 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9198 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→37.24 Å / Num. obs: 16476 / % possible obs: 97.47 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 8.83 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.295 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.736 / Rrim(I) all: 1.314 / % possible all: 96.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→37.24 Å / SU ML: 0.166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.243
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→37.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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