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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w00 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab239 in complex with NPNA2 peptide from circumsporozoite protein | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / IgG binding / side of membrane / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum. 著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum 著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / King, C.R. / Zavala, F. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 6327.939 Da / 分子数: 1 / 断片: domain III (UNP residues 438-497) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: spg / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23614.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 24197.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 836.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P02893*PLUS |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 52998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2623 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.303 / Rsym value: 0.933 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Homology model 解像度: 1.853→48.946 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.853→48.946 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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