[日本語] English
万見
- PDB-6vr6: Structure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group P1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vr6
タイトルStructure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group P1
要素4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / small molecule binding / protein homotetramerization / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wyatt, J.W. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093123 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Inhibition, crystal structures, and in-solution oligomeric structure of aldehyde dehydrogenase 9A1.
著者: Wyatt, J.W. / Korasick, D.A. / Qureshi, I.A. / Campbell, A.C. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,11116
ポリマ－429,8048
非ポリマー5,3078
水00
1
A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,5568
ポリマ－214,9024
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area16840 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area63010 Å2
手法PISA
2
E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,5568
ポリマ－214,9024
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area62590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.785, 90.297, 145.236
Angle α, β, γ (deg.)89.370, 84.040, 73.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 67 through 69 and (name N...
21(chain B and ((resid 67 through 69 and (name N...
31(chain C and ((resid 67 through 69 and (name N...
41(chain D and ((resid 67 through 69 and (name N...
51(chain E and ((resid 67 through 69 and (name N...
61(chain F and ((resid 67 through 69 and (name N...
71(chain G and ((resid 67 through 69 and (name N...
81(chain H and ((resid 67 through 69 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 67 through 69 and (name N...A0
211(chain B and ((resid 67 through 69 and (name N...B0
311(chain C and ((resid 67 through 69 and (name N...C0
411(chain D and ((resid 67 through 69 and (name N...D0
511(chain E and ((resid 67 through 69 and (name N...E0
611(chain F and ((resid 67 through 69 and (name N...F0
711(chain G and ((resid 67 through 69 and (name N...G0
811(chain H and ((resid 67 through 69 and (name N...H0

-
要素

#1: タンパク質
4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase / TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma- ...TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase / R-aminobutyraldehyde dehydrogenase


分子量: 53725.484 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NaCl, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5, 0.1 M ammonium acetate, 0.05 M HEPES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→79.09 Å / Num. obs: 106567 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 177440
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Num. measured all: 9039 / Num. unique obs: 5667 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 0.708 / Net I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 82.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4S

1a4s


解像度: 2.5→79.087 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 31.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 2131 2 %
Rwork0.2131 --
obs0.2143 106512 76.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.77 Å2 / Biso mean: 38.7491 Å2 / Biso min: 9.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→79.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29077 0 233 0 29310
Biso mean--39.47 --
残基数----3939
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
12B13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
13C13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
14D13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
15E13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
16F13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
17G13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
18H13092X-RAY DIFFRACTION7.986TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.55820.3521620.2996743083
2.5582-2.62210.36091430.2856731280
2.6221-2.6930.35671300.2796650572
2.693-2.77230.37861440.2713744482
2.7723-2.86180.33211480.2644755683
2.8618-2.96410.3191470.258742382
2.9641-3.08270.33911570.2547727880
3.0827-3.22310.31111600.2452709678
3.2231-3.3930.34711360.225690276
3.393-3.60560.26681290.2175658772
3.6056-3.88390.21091120.2092621269
3.8839-4.27480.24021350.1654652272
4.2748-4.89330.16151290.1448678674
4.8933-6.16460.25441590.1923673475
6.1646-79.0870.20441400.1782659473
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15590.22610.0690.32290.10920.19460.03040.02350.01040.0205-0.0121-0.0203-0.01940.0349-0.01240.58350.15840.0560.29910.08170.19483.868-39.095295.1197
20.5172-0.0359-0.03490.8926-0.25260.23390.08110.0647-0.1374-0.1295-0.1077-0.17320.12070.10020.03750.59510.18480.04040.31450.07650.26738.3205-73.358182.2792
30.15010.08080.03510.1801-0.05830.1202-0.01790.10390.0653-0.08720.03450.0882-0.0234-0.0508-0.02610.6180.14790.02770.33080.12740.2425-29.4779-57.191664.3524
40.21020.0560.00450.3146-0.13470.17640.0617-0.01330.01590.10310.01670.0829-0.0419-0.0695-0.07610.58210.12750.06360.26690.09370.205-34.907-61.1876100.5406
50.1610.03340.05740.1004-0.04450.157-0.01590.02470.03530.01620.0123-0.0497-0.02120.07090.05950.52640.11720.0470.24530.1230.25211.8760.6722.6171
60.0529-0.00450.02630.1341-0.01630.0427-0.0114-0.062-0.09640.03210.0086-0.05630.07630.03010.0080.58060.18710.06050.29420.13350.3042-2.3467-30.229722.0291
70.0973-0.07890.0310.2235-0.12230.1616-0.0469-0.0661-0.0140.10260.05430.039-0.0568-0.0353-0.0070.56270.19190.05780.28350.11010.2602-36.39014.35526.1221
80.5274-0.00240.18710.03690.03310.40640.02050.0641-0.14260.0013-0.01440.03860.0843-0.0312-0.01250.51490.13610.04250.22750.06260.2315-41.2354-22.23181.5186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 494
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 494
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE3 - 494
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF3 - 494
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG3 - 494
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH3 - 494

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る