PDB-6vr6: Structure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vr6

タイトル

Structure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group P1

要素

4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / serotonin catabolic process / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wyatt, J.W. / Tanner, J.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM093123	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM065546	米国

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Inhibition, crystal structures, and in-solution oligomeric structure of aldehyde dehydrogenase 9A1.
著者: Wyatt, J.W. / Korasick, D.A. / Qureshi, I.A. / Campbell, A.C. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2020年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vr6.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vr6.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vwfC 1a4sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pnu-1 22380 2gz3-d 10845 1ukl-1 3qrf-d 6qhn-d 5tvg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

435 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, microscopy
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.785, 90.297, 145.236
Angle α, β, γ (deg.)	89.370, 84.040, 73.870
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 67 through 69 and (name N...
2	1	(chain B and ((resid 67 through 69 and (name N...
3	1	(chain C and ((resid 67 through 69 and (name N...
4	1	(chain D and ((resid 67 through 69 and (name N...
5	1	(chain E and ((resid 67 through 69 and (name N...
6	1	(chain F and ((resid 67 through 69 and (name N...
7	1	(chain G and ((resid 67 through 69 and (name N...
8	1	(chain H and ((resid 67 through 69 and (name N...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	(chain A and ((resid 67 through 69 and (name N...	A
2	1	1	(chain B and ((resid 67 through 69 and (name N...	B
3	1	1	(chain C and ((resid 67 through 69 and (name N...	C
4	1	1	(chain D and ((resid 67 through 69 and (name N...	D
5	1	1	(chain E and ((resid 67 through 69 and (name N...	E
6	1	1	(chain F and ((resid 67 through 69 and (name N...	F
7	1	1	(chain G and ((resid 67 through 69 and (name N...	G
8	1	1	(chain H and ((resid 67 through 69 and (name N...	H

#1: タンパク質	4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase / TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma- ...TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase / R-aminobutyraldehyde dehydrogenase 分子量: 53725.484 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NaCl, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5, 0.1 M ammonium acetate, 0.05 M HEPES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→79.09 Å / Num. obs: 106567 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 177440
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Num. measured all: 9039 / Num. unique obs: 5667 / CC_1/2: 0.61 / R_pim(I) all: 0.5 / R_rim(I) all: 0.708 / Net I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 82.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.14	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A4S

1a4s

解像度: 2.5→79.087 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 31.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	2131	2 %
R_work	0.2131	-	-
obs	0.2143	106512	76.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.77 Å² / B_iso mean: 38.7491 Å² / B_iso min: 9.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→79.087 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29077	0	233	0	29310
B_iso mean	-	-	39.47	-	-
残基数	-	-	-	-	3939

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	2	B	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	3	C	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	4	D	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	5	E	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	6	F	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	7	G	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL
1	8	H	13092	X-RAY DIFFRACTION	7.986	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5-2.5582	0.352	162	0.2996	7430	83
2.5582-2.6221	0.3609	143	0.2856	7312	80
2.6221-2.693	0.3567	130	0.2796	6505	72
2.693-2.7723	0.3786	144	0.2713	7444	82
2.7723-2.8618	0.3321	148	0.2644	7556	83
2.8618-2.9641	0.319	147	0.258	7423	82
2.9641-3.0827	0.3391	157	0.2547	7278	80
3.0827-3.2231	0.3111	160	0.2452	7096	78
3.2231-3.393	0.3471	136	0.225	6902	76
3.393-3.6056	0.2668	129	0.2175	6587	72
3.6056-3.8839	0.2109	112	0.2092	6212	69
3.8839-4.2748	0.2402	135	0.1654	6522	72
4.2748-4.8933	0.1615	129	0.1448	6786	74
4.8933-6.1646	0.2544	159	0.1923	6734	75
6.1646-79.087	0.2044	140	0.1782	6594	73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1559	0.2261	0.069	0.3229	0.1092	0.1946	0.0304	0.0235	0.0104	0.0205	-0.0121	-0.0203	-0.0194	0.0349	-0.0124	0.5835	0.1584	0.056	0.2991	0.0817	0.1948	3.868	-39.0952	95.1197
2	0.5172	-0.0359	-0.0349	0.8926	-0.2526	0.2339	0.0811	0.0647	-0.1374	-0.1295	-0.1077	-0.1732	0.1207	0.1002	0.0375	0.5951	0.1848	0.0404	0.3145	0.0765	0.2673	8.3205	-73.3581	82.2792
3	0.1501	0.0808	0.0351	0.1801	-0.0583	0.1202	-0.0179	0.1039	0.0653	-0.0872	0.0345	0.0882	-0.0234	-0.0508	-0.0261	0.618	0.1479	0.0277	0.3308	0.1274	0.2425	-29.4779	-57.1916	64.3524
4	0.2102	0.056	0.0045	0.3146	-0.1347	0.1764	0.0617	-0.0133	0.0159	0.1031	0.0167	0.0829	-0.0419	-0.0695	-0.0761	0.5821	0.1275	0.0636	0.2669	0.0937	0.205	-34.907	-61.1876	100.5406
5	0.161	0.0334	0.0574	0.1004	-0.0445	0.157	-0.0159	0.0247	0.0353	0.0162	0.0123	-0.0497	-0.0212	0.0709	0.0595	0.5264	0.1172	0.047	0.2453	0.123	0.2521	1.876	0.672	2.6171
6	0.0529	-0.0045	0.0263	0.1341	-0.0163	0.0427	-0.0114	-0.062	-0.0964	0.0321	0.0086	-0.0563	0.0763	0.0301	0.008	0.5806	0.1871	0.0605	0.2942	0.1335	0.3042	-2.3467	-30.2297	22.0291
7	0.0973	-0.0789	0.031	0.2235	-0.1223	0.1616	-0.0469	-0.0661	-0.014	0.1026	0.0543	0.039	-0.0568	-0.0353	-0.007	0.5627	0.1919	0.0578	0.2835	0.1101	0.2602	-36.3901	4.355	26.1221
8	0.5274	-0.0024	0.1871	0.0369	0.0331	0.4064	0.0205	0.0641	-0.1426	0.0013	-0.0144	0.0386	0.0843	-0.0312	-0.0125	0.5149	0.1361	0.0425	0.2275	0.0626	0.2315	-41.2354	-22.2318	1.5186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	3 - 494
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 494
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	3 - 494
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	3 - 494
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	3 - 494
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	3 - 494
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H	H	3 - 494

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)