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- PDB-5tvg: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvg
タイトルCrystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia vietnamiensis
要素Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Trehalose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia vietnamiensis
著者: Edwards, T.E. / Conrady, D.G. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
C: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
D: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
E: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
F: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
G: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
H: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,37732
ポリマ－430,8748
非ポリマー4,50324
水14,214789
1
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
C: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
E: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,83918
ポリマ－215,4374
非ポリマー2,40214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
F: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
G: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
H: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,53814
ポリマ－215,4374
非ポリマー2,10110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
E: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,10411
ポリマ－107,7192
非ポリマー1,3859
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
4
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
C: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7357
ポリマ－107,7192
非ポリマー1,0175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
5
D: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
G: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8278
ポリマ－107,7192
非ポリマー1,1096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
6
F: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
H: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7116
ポリマ－107,7192
非ポリマー9934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.170, 103.020, 218.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...
21(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...
31(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...
41(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...
51(chain E and ((resid 2 through 6 and (name N...
61(chain F and ((resid 2 through 6 and (name N...
71(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...
81(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...A2 - 6
121(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...A-4 - 500
131(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...A-4 - 500
141(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...A-4 - 500
151(chain A and ((resid 2 through 6 and (name N...A-4 - 500
211(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...B2 - 6
221(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...B0 - 500
231(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...B0 - 500
241(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...B0 - 500
251(chain B and ((resid 2 through 6 and (name N...B0 - 500
311(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...C2 - 6
321(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...C1 - 500
331(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...C1 - 500
341(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...C1 - 500
351(chain C and ((resid 2 through 6 and (name N...C1 - 500
411(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...D2 - 6
421(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...D-3 - 500
431(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...D-3 - 500
441(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...D-3 - 500
451(chain D and ((resid 2 through 6 and (name N...D-3 - 500
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611(chain F and ((resid 2 through 6 and (name N...F2 - 6
621(chain F and ((resid 2 through 6 and (name N...F1 - 460
631(chain F and ((resid 2 through 6 and (name N...F1 - 460
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651(chain F and ((resid 2 through 6 and (name N...F1 - 460
711(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...G2 - 6
721(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...G2 - 456
731(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...G2 - 456
741(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...G2 - 456
751(chain G and ((resid 2 through 6 and (name N...G2 - 456
811(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...H2 - 6
821(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...H2 - 458
831(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...H2 - 458
841(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...H2 - 458
851(chain H and ((resid 2 through 6 and (name N...H2 - 458

-
要素

#1: タンパク質
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / Osmoregulatory trehalose synthesis protein A / Trehalose-6-phosphate synthase


分子量: 53859.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_2483 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A4JGS8, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BuviA.00046.b.B1.PS02329 at 24.6 mg/mL with 2.5% glycerol, 3 mM UDP and 3 mM MgCl2 against JCSG+ screen condition D7 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, 40% MPD, crystal tracking ID 261935d7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 186193 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allCC1/2% possible all
2.3-2.363.20.4552.6213818137780.83599.7
2.36-2.420.3853.050.8799.6
2.42-2.490.3183.690.91399.6
2.49-2.570.2434.70.94399.6
2.57-2.660.2045.520.9699.6
2.66-2.750.1816.220.96699.2
2.75-2.850.1487.440.97399.5
2.85-2.970.1218.830.98399.4
2.97-3.10.10110.540.98799
3.1-3.250.0813.030.99199.3
3.25-3.430.06615.270.99498.9
3.43-3.640.05617.870.99598.7
3.64-3.890.05200.99598.3
3.89-4.20.04422.30.99698.1
4.2-4.60.0423.840.99798
4.6-5.140.03825.030.99797.9
5.14-5.940.03624.850.99797.9
5.94-7.270.03325.990.99897.5
7.27-10.290.02728.590.99996.8
10.290.02429.020.99991.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
BALBES位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WTX

2wtx


解像度: 2.3→46.536 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 2000 1.07 %
Rwork0.1784 --
obs0.1789 186127 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.47 Å2 / Biso mean: 59.9142 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27774 0 281 790 28845
Biso mean--58.55 49.13 -
残基数----3621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86539221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.26216897
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
12B14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
13C14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
14D14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
15E14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
16F14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
17G14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
18H14703X-RAY DIFFRACTION6.589TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.30661430.24691312913272100
2.3575-2.42120.32051430.23841319213335100
2.4212-2.49250.28831430.22711318513328100
2.4925-2.57290.23581440.21061321213356100
2.5729-2.66490.25631430.2048132141335799
2.6649-2.77160.25851430.207131331327699
2.7716-2.89770.26971430.2053131541329799
2.8977-3.05040.24051430.2011131881333199
3.0504-3.24150.22251420.1936131271326999
3.2415-3.49170.22771440.1826131771332199
3.4917-3.84290.24871420.1683131331327598
3.8429-4.39870.18341420.1492130851322798
4.3987-5.54040.18681430.1455130741321798
5.5404-46.54590.20141420.1647131241326696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33040.2328-0.10981.6743-0.13980.8867-0.0809-0.1780.01850.1750.0399-0.083-0.16250.03230.02730.63760.04630.0340.167-0.01190.3075-9.747711.49119.0268
24.9125-0.9523-0.49271.26130.10870.6754-0.06930.28070.3815-0.26350.0549-0.0331-0.2507-0.13390.02290.63450.01640.02330.17770.00310.3312-12.59256.87563.1399
30.5371-0.10810.02871.0235-0.17860.64510.022-0.07610.002-0.12020.0485-0.10490.02860.0551-0.04440.5327-0.01480.06210.1449-0.01070.34055.3945-10.2138.7959
41.8340.4167-0.30311.92840.44660.80040.097-0.1177-0.4512-0.077-0.01990.05670.2448-0.1236-0.06760.55020.0076-0.10630.23760.05640.3425-28.148-30.7906-0.3178
50.9463-0.0262-0.22421.20360.0733.62960.179-0.0745-0.0341-0.0856-0.06550.1898-0.0947-0.5226-0.10720.323-0.01-0.02250.26730.0460.2869-37.4026-17.330618.6778
62.0725-0.1415-0.09192.1022-0.25032.27360.1325-0.48120.3160.2321-0.02230.089-0.0689-0.0955-0.09050.508-0.1373-0.04560.6195-0.05970.3026-3.0606-17.44665.9163
70.9942-0.20860.02370.66360.03221.0710.1377-0.6012-0.22350.2264-0.01560.07820.4672-0.2438-0.09460.7238-0.2359-0.06340.64770.15990.3507-20.7908-32.400358.5186
82.3736-1.6178-0.83593.57680.78771.5194-0.02160.3420.0135-0.52560.2456-0.1364-0.46650.5163-0.2290.4833-0.16710.03010.8261-0.19340.3449-41.9206-45.839294.7108
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101.90320.69350.0893.1509-1.13390.5133-0.04350.3591-0.5073-0.3740.133-0.17431.04490.0868-0.08261.45790.0113-0.10140.43740.03180.61171.6596-57.054637.2308
111.07280.4843-0.19632.1683-0.61921.07660.1029-0.2686-0.30650.12510.0123-0.28110.75210.38730.05940.79520.1324-0.11490.34430.06250.379415.2955-37.436138.9792
121.92790.2071-1.01342.2367-1.35811.4391-0.12450.02780.2339-0.3270.1534-0.0135-0.2043-0.0181-0.02210.7353-0.0987-0.13140.4958-0.04550.3386-46.3786-66.622844.1185
132.0504-0.8716-0.02591.271-0.18422.155-0.1346-0.52570.1492-0.21130.279-0.14880.22350.4157-0.12770.5385-0.00330.02050.6058-0.1770.377-29.2444-82.102556.5949
140.8924-0.3212-0.221.2811-0.15020.0971-0.08850.0891-0.0374-0.45190.1093-0.08670.15340.2308-0.03430.7576-0.02490.02930.5742-0.10630.3536-29.3891-86.939244.3241
153.93810.85170.17734.3347-0.40862.3019-0.2664-0.002-0.7417-0.26490.13240.41860.4991-0.09410.11770.5713-0.04380.06830.4035-0.12860.6477-57.4556-107.39360.0416
161.510.0381-0.10442.15570.93382.3369-0.16660.1415-0.2956-0.34220.060.45120.1195-0.46710.10590.3364-0.0766-0.11080.5751-0.02860.463-71.5833-84.864268.8319
173.28530.6341-2.0213.0002-1.81121.94530.22090.5659-1.05490.1077-0.1207-0.62730.03680.3616-0.01880.81090.5971-0.40671.3741-0.42280.9663-17.4838-99.9035108.4158
181.55840.595-0.87960.7529-0.90241.1012-0.3040.3823-0.94990.03340.6194-1.25720.43780.3234-0.18350.95940.4337-0.16731.2346-0.51191.3007-25.7525-108.5355103.6327
192.64171.6191-0.78252.8391-0.2421.76760.2330.7459-0.6073-0.19550.2575-0.28570.6346-0.0973-0.50350.85480.4152-0.22281.228-0.19950.5223-36.844-87.97498.5255
200.96390.2492-0.11240.66930.22841.37020.1081-0.1009-0.63470.3540.1003-0.18740.49190.1638-0.24790.93620.5637-0.37011.2153-0.10590.763-30.8063-96.4734112.6182
210.40730.34670.10430.3593-0.05040.27180.0311-0.0368-0.27310.23830.1957-0.48780.22130.6686-0.06580.5560.579-0.32661.5472-0.25520.4224-22.4964-81.9817104.1848
221.1303-0.5524-0.61781.08740.42861.7251-0.1229-0.2626-0.05330.03640.3519-0.16620.12760.6188-0.0840.4680.1744-0.01141.3357-0.40670.4721-22.519-78.467277.8681
231.9322-0.7686-0.84371.20190.5830.5420.0197-0.085-0.1499-0.0960.1052-0.24330.40860.7064-0.08440.54060.421-0.06991.7424-0.38880.5434-13.483-80.943389.4473
240.2770.06880.17220.2893-0.08610.450.11690.0388-0.22870.19910.3013-0.54990.04510.8160.1180.41530.3053-0.30111.9245-0.56720.7612-10.4704-75.976397.2111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 188 )A-4 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 189 through 240 )A189 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 241 through 463 )A241 - 463
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 188 )B0 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 189 through 464 )B189 - 464
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 188 )C1 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 189 through 468 )C189 - 468
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid -3 through 144 )D-3 - 144
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 145 through 456 )D145 - 456
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 170 )E1 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 171 through 456 )E171 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 1 through 201 )F1 - 201
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 202 through 343 )F202 - 343
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 344 through 460 )F344 - 460
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 2 through 217 )G2 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 218 through 456 )G218 - 456
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 2 through 42 )H2 - 42
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 43 through 70 )H43 - 70
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 71 through 100 )H71 - 100
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 101 through 154 )H101 - 154
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 155 through 271 )H155 - 271
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 272 through 343 )H272 - 343
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 344 through 367 )H344 - 367
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 368 through 458 )H368 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る