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万見
- PDB-6vwf: Structure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group C222 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwf
タイトルStructure of ALDH9A1 complexed with NAD+ in space group C222
要素4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process ...formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / small molecule binding / protein homotetramerization / mitochondrion / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wyatt, J.W. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093123 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Inhibition, crystal structures, and in-solution oligomeric structure of aldehyde dehydrogenase 9A1.
著者: Wyatt, J.W. / Korasick, D.A. / Qureshi, I.A. / Campbell, A.C. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0404
ポリマ－107,7132
非ポリマー1,3272
水55831
1
A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,0808
ポリマ－215,4274
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area16330 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area60690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.148, 163.466, 84.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...
21(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA1 - 621 - 62
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA6363
13METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA1 - 4941 - 494
14METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA1 - 4941 - 494
15METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA1 - 4941 - 494
16METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 62 or (resid 63...AA1 - 4941 - 494
21METMETSERSER(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...BB1 - 661 - 66
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...BB6767
23METMETPHEPHE(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...BB1 - 4941 - 494
24METMETPHEPHE(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...BB1 - 4941 - 494
25METMETPHEPHE(chain B and (resid 1 through 66 or (resid 67...BB1 - 4941 - 494

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要素

#1: タンパク質 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase / TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma- ...TMABALDH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase / R-aminobutyraldehyde dehydrogenase


分子量: 53856.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→47.13 Å / Num. obs: 32497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 229337 / Scaling rejects: 9
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Num. measured all: 30035 / Num. unique obs: 4262 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.434 / Rrim(I) all: 1.156 / Net I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4S

1a4s


解像度: 2.64→47.13 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 1595 4.91 %
Rwork0.2179 --
obs0.2207 32467 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.92 Å2 / Biso mean: 50.772 Å2 / Biso min: 19.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6729 0 46 31 6806
Biso mean--58.57 30.93 -
残基数----900
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4007X-RAY DIFFRACTION7.661TORSIONAL
12B4007X-RAY DIFFRACTION7.661TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.64-2.72520.33231590.2882741100
2.7252-2.82260.32481350.28042786100
2.8226-2.93560.32961200.26462785100
2.9356-3.06920.31371560.25312776100
3.0692-3.2310.3231500.26552774100
3.231-3.43340.32551470.22432775100
3.4334-3.69840.29841120.21952826100
3.6984-4.07040.27561510.19882807100
4.0704-4.65890.22371650.17692796100
4.6589-5.86790.22471430.19582849100
5.8679-47.130.23541570.2052295799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3934-0.4627-0.33271.3147-0.35411.00290.24030.01370.3255-0.0945-0.1436-0.2154-0.1020.2322-0.1020.37720.06690.03680.3819-0.00880.3061-43.8974-21.1605-27.3585
22.0487-0.19650.09390.5903-0.03740.74460.0448-0.2154-0.2740.0230.0399-0.01440.15870.0644-0.08810.31640.0789-0.0150.3992-0.00340.2492-59.6722-38.8185-66.1894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A')A1 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B')B1 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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