PDB-6qak: Structure of human ALDH9 in P21212 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qak

タイトル

Structure of human ALDH9 in P21212 space group

要素

4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

formaldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Carnitine synthesis / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / carnitine biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Morera, S. / Vigouroux, A. / Kopecny, D.

引用

ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2019
タイトル: Kinetic and structural analysis of human ALDH9A1.
著者: Koncitikova, R. / Vigouroux, A. / Kopecna, M. / Sebela, M. / Morera, S. / Kopecny, D.

履歴

登録	2018年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qak.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qak.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qak_validation.pdf.gz	520.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qak_full_validation.pdf.gz	570.1 KB	表示
XML形式データ	6qak_validation.xml.gz	118.9 KB	表示
CIF形式データ	6qak_validation.cif.gz	163.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/6qak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qaoC 6qapC 1a4sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qao-1 6qap-d 6qao-2 6vwf-1 4x0u-2 4iym-2 1a4s-d 1zum-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

444 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

B: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

C: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

D: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

F: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

G: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

H: 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.380, 159.590, 160.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase / TMABADH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma- ...TMABADH / Aldehyde dehydrogenase E3 isozyme / Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1 / Gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase / R-aminobutyraldehyde dehydrogenase 分子量: 55475.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH9A1, ALDH4, ALDH7, ALDH9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P49189, 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), aminobutyraldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 4K, sodium citrate pH 5.6, 2.5% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.2 Å / Num. obs: 142787 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 71.51 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.208 / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A4S

1a4s

解像度: 2.5→35.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.457 / SU R_free Blow DPI: 0.24 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.247

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	7136	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	142732	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.9704 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.4996 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28832	0	4	85	28921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	29433	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.17	39821	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		10172	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5056	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		29433	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.64
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3827	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		33972	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.52 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	143	5.01 %
R_work	0.2815	2712	-
all	0.282	2855	-
obs	-	-	86.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4309	-0.8785	-0.2454	1.6537	-0.2719	0.7822	0.2429	0.1218	0.1855	-0.0525	-0.1354	-0.055	-0.1555	-0.0331	-0.1075	-0.1051	-0.015	0.117	-0.2445	-0.017	-0.2009	21.0358	22.739	68.3617
2	1.2098	0.358	0.3688	1.7755	0.1021	0.9425	-0.0344	-0.0433	-0.0745	0.0566	-0.0735	-0.4377	-0.0105	0.0248	0.1078	-0.2243	0.0403	0.0559	-0.2033	0.0114	-0.0313	60.6695	20.143	63.876
3	0.9419	0.0118	-0.0316	2.1806	1.7471	3.9478	0.2715	-0.0032	-0.1265	-0.0246	-0.1903	-0.1284	0.3759	-0.4586	-0.0812	-0.119	-0.0473	-0.0122	-0.306	0.0036	-0.2877	42.5252	-17.6807	46.8324
4	1.0189	0.4245	-0.0858	1.6834	-0.6184	1.9313	0.3177	-0.1827	-0.1597	0.2974	-0.3609	-0.2693	-0.0116	0.3931	0.0432	-0.0402	-0.0206	-0.0586	-0.1831	0.0194	-0.2693	34.3805	-17.0702	85.9927
5	0.8196	0.0903	-0.0819	2.7562	1.4772	2.5632	0.2096	-0.1571	-0.0098	0.7405	-0.2085	-0.0371	0.2572	-0.3902	-0.0011	0.0432	-0.0445	-0.0053	-0.2645	0.0345	-0.3618	38.2029	98.7599	34.4018
6	0.802	-0.5081	0.1377	1.7853	0.6103	1.4129	0.2733	0.1085	0.1348	-0.2814	-0.1487	-0.1905	-0.1546	0.1986	-0.1247	0.0569	-0.0484	0.0294	-0.2732	0.0367	-0.3283	33.3965	98.6054	-5.3993
7	1.8052	0.794	0.0909	1.9457	-0.2075	1.5259	0.017	-0.2682	0.0448	0.0026	-0.06	0.0188	0.1445	-0.0011	0.043	-0.2273	0.0416	-0.0462	-0.1585	-0.0025	-0.1843	21.9548	57.5679	11.4918
8	0.8891	0.177	-0.0345	2.0379	-0.491	1.5275	-0.1196	0.0424	-0.0142	-0.1823	-0.2071	-0.6732	0.052	0.451	0.3267	-0.3016	0.0154	0.0236	-0.1428	0.0602	0.0173	60.9529	63.1231	17.2536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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