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万見
- PDB-6vk2: NMR solution structure of Grb2-SH2 domain at pH 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vk2
タイトルNMR solution structure of Grb2-SH2 domain at pH 7
要素Growth factor receptor-bound protein 2
キーワードCELL CYCLE / Grb2 / SH2 domain / dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants ...guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / vesicle membrane / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent Vav1 pathway / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / Signal regulatory protein family interactions / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of actin filament polymerization / epidermal growth factor receptor binding / Regulation of KIT signaling / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / endodermal cell differentiation / regulation of MAPK cascade / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / RET signaling / SOS-mediated signalling / insulin receptor substrate binding / Activated NTRK3 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Signalling to RAS / signal transduction in response to DNA damage / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / GAB1 signalosome / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signal attenuation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / phosphotyrosine residue binding / Signaling by FGFR1 in disease / myelination / ephrin receptor binding / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / T cell activation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / cellular response to ionizing radiation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / B cell receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / EGFR downregulation
類似検索 - 分子機能
GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily ...GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
データ登録者Sanches, K. / Caruso, I.P. / Melo, F.A. / Almeida, F.C.L.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/17630-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/20642-8 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)442951/2014-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309564/2017-4 ブラジル
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: The dynamics of free and phosphopeptide-bound Grb2-SH2 reveals two dynamically independent subdomains and an encounter complex with fuzzy interactions.
著者: Sanches, K. / Caruso, I.P. / Almeida, F.C.L. / Melo, F.A.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2019
タイトル: NMR assignment of free 1H, 15N and 13C-Grb2-SH2 domain.
著者: Sanches, K. / Caruso, I.P. / Almeida, F.C.L. / Melo, F.A.
履歴
登録2020年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related / Item: _database_2.database_code
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2051
ポリマ－11,2051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 66317structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 2 / Adapter protein GRB2 / Protein Ash / SH2/SH3 adapter GRB2


分子量: 11204.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB2, ASH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62993

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic33D HNCA
171isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic23D HNCO
1101isotropic23D H(CCO)NH
1111isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 200 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 5 mM sodium azide, 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Grb2-SH2, 90% H2O/10% D2O
詳細: ~300 uM 13C/15N-Grb2-SH2 in buffer 20 mM NaPi pH 7.0 containing 200 mM NaCl, 1.0 mM EDTA, 1.0 mM PMSF, 5.0 mM NaN3, and 10% D2O
Label: Grb2-SH2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
1 mMPMSFnatural abundance1
5 mMsodium azidenatural abundance1
300 uMGrb2-SH2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態詳細: ~300 uM 13C/15N-Grb2-SH2 in buffer 20 mM NaPi pH 7.0 containing 200 mM NaCl, 1.0 mM EDTA, 1.0 mM PMSF, 5.0 mM NaN3, and 10% D2O
イオン強度: 138.2 mM / Label: Condition1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CS-ROSETTA3.3Shen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 66317 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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