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- PDB-6vjk: Streptavidin mutant M88 (N49C/A86C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjk
タイトルStreptavidin mutant M88 (N49C/A86C)
要素Streptavidin
キーワードBiotin-binding protein / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Marangoni, J.M. / Wu, S.C. / Fogen, D. / Wong, S.L. / Ng, K.K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)05728 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Engineering a disulfide-gated switch in streptavidin enables reversible binding without sacrificing binding affinity.
著者: Marangoni, J.M. / Wu, S.C. / Fogen, D. / Wong, S.L. / Ng, K.K.S.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
C: Streptavidin
D: Streptavidin
E: Streptavidin
F: Streptavidin
G: Streptavidin
H: Streptavidin
I: Streptavidin
J: Streptavidin
K: Streptavidin
L: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,53224
ポリマ－157,60012
非ポリマー2,93212
水30,0311667
1
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子

E: Streptavidin
F: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5118
ポリマ－52,5334
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area11580 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
2
C: Streptavidin
D: Streptavidin
I: Streptavidin
J: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5118
ポリマ－52,5334
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
3
G: Streptavidin
H: Streptavidin
ヘテロ分子

K: Streptavidin
L: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5118
ポリマ－52,5334
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.260, 79.549, 281.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Streptavidin


分子量: 13133.327 Da / 分子数: 12 / 変異: N49C, A86C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pET29B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物
ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21% PEG 3350, 8% glycerol, 100 mM Bis-Tris-Cl pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50.0005 Å / Num. obs: 176700 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.142 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 25745 / CC1/2: 0.814 / Rpim(I) all: 0.262 / Rrim(I) all: 0.793 / Rsym value: 0.747 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135 2015/10/01精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SWE

1swe


解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.644 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 8889 -
Rwork0.1841 --
all0.186 --
obs-176551 98.462 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.333 Å20 Å20 Å2
2--0.885 Å20 Å2
3----0.552 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10826 0 192 1667 12685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.91215481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4351440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.72223.571448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.601151505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1581548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1490.213338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2820.215002
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0650.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1640.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1230.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6412.4495796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5453.4317224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1962.6045517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3043.5628257
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.7339.19519023
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.6-1.6420.2536310.215123871311799.24530.215
1.642-1.6860.2246080.203120341278698.87380.203
1.686-1.7350.246070.208116661240998.9040.208
1.735-1.7890.2276080.199113921208699.28840.199
1.789-1.8470.2325840.198109401173898.17690.198
1.847-1.9120.2325530.205103021131095.9770.205
1.912-1.9840.2165480.197103221096499.14260.197
1.984-2.0650.2245160.19699461054799.19410.196
2.065-2.1570.2154990.19296341019699.38210.192
2.157-2.2620.235120.1959082967399.18330.195
2.262-2.3840.2374690.2028367924995.53470.202
2.384-2.5280.2364370.1938212877098.62030.193
2.528-2.7020.2364170.1917811825199.72120.191
2.702-2.9180.2223750.1787283770499.40290.178
2.918-3.1950.2163510.1716735713899.27150.171
3.195-3.570.1933300.1665768647594.17760.166
3.57-4.1190.1752910.1555430573999.68640.155
4.119-5.0360.1822480.1494665492599.75630.149
5.036-7.0870.1731860.1813457386994.15870.181
7.087-50.0050.2391120.1892192230899.82670.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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