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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vhv | ||||||
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タイトル | Klebsiella oxytoca NpsA in complex with 3-hydroxyanthranilyl-AMSN | ||||||
![]() | NpsA Adenylation Domain | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca. 著者: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55554.848 Da / 分子数: 1 / 変異: E312A, E313A, Q314A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-QXG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6 詳細: well solution: 400 mM imidazole pH 6.6, 10% w/v PEG8000/10000/12000/20000, 2.5% w/v 1,3-dimethylimidazolium dimethyl phosphate protein solution (16 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 ...詳細: well solution: 400 mM imidazole pH 6.6, 10% w/v PEG8000/10000/12000/20000, 2.5% w/v 1,3-dimethylimidazolium dimethyl phosphate protein solution (16 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 5 mM 3HA-AMSN droplet: 2 uL protein solution, 1 uL well solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→68.1 Å / Num. obs: 12516 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 86.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→2.95 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 605 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 0.858 / Rrim(I) all: 2.261 / Rsym value: 2.088 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6vhu 解像度: 2.89→68.1 Å / SU ML: 0.508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.174
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→68.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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