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- PDB-6vhy: NpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS f... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vhy | ||||||
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Title | NpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS from Klebsiella oxytoca | ||||||
![]() | NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca. Authors: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 578.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 496.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vhtC ![]() 6vhuSC ![]() 6vhvC ![]() 6vhwC ![]() 6vhxC ![]() 6vhzC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 64062.523 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E312A,E313A,Q314A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-QXD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.39 % / Description: plates |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: microbatch Details: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, ...Details: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, microbatch drop: 1.2 uL protein solution, 1 uL well solution (under paraffin oil) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→93.84 Å / Num. obs: 45795 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 74.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2224 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.945 / Rsym value: 0.882 / % possible all: 87.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6vhu Resolution: 3→47.61 Å / SU ML: 0.3855 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 26.989 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→47.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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