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- PDB-3r9j: 4.3A resolution structure of a MinD-MinE(I24N) protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r9j
タイトル4.3A resolution structure of a MinD-MinE(I24N) protein complex
要素
  • Cell division topological specificity factor
  • Septum site-determining protein minD
キーワードCELL CYCLE / HYDROLASE/CELL CYCLE / ATPase / protein complex / bacterial cell division inhibitor / mine / HYDROLASE-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum site selection / regulation of division septum assembly / cell pole / intracellular mRNA localization / ATPase activator activity / chromosome segregation / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...division septum site selection / regulation of division septum assembly / cell pole / intracellular mRNA localization / ATPase activator activity / chromosome segregation / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP binding protein MinD / Cell division topological specificity factor MinE / Cell division topological specificity factor MinE superfamily / Septum formation topological specificity factor MinE / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / ATP binding protein MinD/FleN / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / : / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division topological specificity factor / Septum site-determining protein MinD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Park, K.-T. / Wu, W. / Holyoak, T. / Lutkenhaus, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The Min Oscillator Uses MinD-Dependent Conformational Changes in MinE to Spatially Regulate Cytokinesis.
著者: Park, K.T. / Wu, W. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Holyoak, T. / Lutkenhaus, J.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septum site-determining protein minD
B: Septum site-determining protein minD
C: Cell division topological specificity factor
D: Cell division topological specificity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7066
ポリマ－74,8524
非ポリマー8542
水00
1
A: Septum site-determining protein minD
B: Septum site-determining protein minD
ヘテロ分子

A: Septum site-determining protein minD
B: Septum site-determining protein minD
C: Cell division topological specificity factor
D: Cell division topological specificity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,56210
ポリマ－131,8536
非ポリマー1,7094
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_544-y+1/2,x-1/2,z-1/41
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Cell division topological specificity factor

A: Septum site-determining protein minD
B: Septum site-determining protein minD
C: Cell division topological specificity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7066
ポリマ－74,8524
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
3
A: Septum site-determining protein minD
B: Septum site-determining protein minD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8564
ポリマ－57,0012
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
4
C: Cell division topological specificity factor
D: Cell division topological specificity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8502
ポリマ－17,8502
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.393, 94.393, 284.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Septum site-determining protein minD / Cell division inhibitor minD


分子量: 28500.656 Da / 分子数: 2 / 変異: D40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1175, JW1164, minD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEZ3
#2: タンパク質 Cell division topological specificity factor / minE


分子量: 8925.203 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 12-88 / 変異: I24N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1174, JW1163, minE / プラスミド: pJB216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A734
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5
詳細: 30% w/v PEG3000, 100 mM CHES, 10 mM EDTA, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. all: 9437 / Num. obs: 9437 / % possible obs: 99.94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.84 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.3547
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
4.3-4.5312.40.525.49162721312100
4.53-4.8113.760.47.21174771270100
4.81-5.1413.680.338.34164891205100
5.14-5.5513.510.289.27151741123100
5.55-6.0813.10.269.68134491027100
6.08-6.812.580.1514.9812029956100
6.8-7.8511.740.0921.149977850100
7.85-9.6211.860.0533.858740737100
9.62-13.612.780.0444.557576593100
13.6-5010.880.0539.89396036498.22

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.56 Å48.79 Å
Translation4.56 Å48.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JDirectorデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R9I

3r9i


解像度: 4.3→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8622 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8486 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3106 455 4.85 %RANDOM
Rwork0.2939 ---
obs0.2947 9380 --
all-9380 --
原子変位パラメータBiso max: 135 Å2 / Biso mean: 134.736 Å2 / Biso min: 65.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.9717 Å20 Å20 Å2
2---26.9717 Å20 Å2
3---53.9434 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4919 0 54 0 4973
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2431SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes152HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes712HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5027HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion8HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion691SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5633SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5027HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6812HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.37
LS精密化 シェル解像度: 4.3→4.81 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3031 125 4.85 %
Rwork0.3141 2450 -
all0.3136 2575 -
obs-2450 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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