+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q9l | ||||||
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Title | The structure of the dimeric E.coli MinD-ATP complex | ||||||
Components | Septum site-determining protein minD | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / HYDROLASE / ATPase / bacterial cell division inhibitor / MinC / MinE | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell pole / negative regulation of cell division / division septum assembly / chromosome segregation / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.343 Å | ||||||
Authors | Wu, W. / Park, K.-T. / Lutkenhaus, J. / Holyoak, T. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2011 Title: Determination of the structure of the MinD-ATP complex reveals the orientation of MinD on the membrane and the relative location of the binding sites for MinE and MinC. Authors: Wu, W. / Park, K.T. / Holyoak, T. / Lutkenhaus, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q9l.cif.gz | 118.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q9l.ent.gz | 91 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q9l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9l | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 2 - 257 / Label seq-ID: 2 - 257
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28500.656 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-260 / Mutation: D40A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: minD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0AEZ3 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.52 Å3/Da / Density % sol: 65.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.9184,0.9788,0.9794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR 325 / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2007 / Details: Rh coated flat mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 10.39 / Number: 197429 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.5 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 28505 / % possible obs: 98.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.343→29.032 Å / Num. all: 34462 / Num. obs: 33165 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.49 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.34 / Reflection: 23783 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.65 / Reflection: 23779 / Reflection acentric: 21607 / Reflection centric: 2172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.343→29.032 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.6723 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.17 / Phase error: 36.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.547 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.49 Å2 / Biso mean: 37.2925 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.343→29.032 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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