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- PDB-6vhw: Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in complex with 3-hy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vhw | ||||||
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Title | Klebsiella oxytoca NpsA N-terminal subdomain in complex with 3-hydroxybenzoyl-AMSN | ||||||
![]() | NpsA Adenylation Domain | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca. Authors: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 255.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vhtC ![]() 6vhuSC ![]() 6vhvC ![]() 6vhxC ![]() 6vhyC ![]() 6vhzC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43960.355 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E312A, E313A, Q314A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 262 molecules ![](data/chem/img/R2V.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PGE / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.89 % / Description: 3D |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: well solution: 100 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KBr, 30% w/v PEG3350, protein solution (15 mg/mL): 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP, hanging drops: 1 uL protein solution, 1 uL well solution PH range: 7.5-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03322 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→78.78 Å / Num. obs: 60901 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.87 Å / Redundancy: 6.8 % / Num. unique obs: 3129 / CC1/2: 0.32 / Rpim(I) all: 0.89 / Rrim(I) all: 2.354 / Rsym value: 2.177 / % possible all: 98.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6vhu Resolution: 1.83→78.78 Å / SU ML: 0.269 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.4446 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→78.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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