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- PDB-2id4: The 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chlorom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2id4
タイトルThe 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chloromethyl ketone inhibitor.
要素
  • Ac-RERK-CMK inhibitor
  • Kexin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / KEX2 / KEXIN / FURIN / PROPROTEIN / PROHORMONE / CONVERTASE / SUBTILISIN LIKE PROTEASE / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


kexin / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / peptide pheromone maturation / fungal-type vacuole / trans-Golgi network / protein processing / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-acetyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-N~5~- [amino(iminio)methyl]-L-ornithinamide / MALONIC ACID / Kexin
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wheatley, J.L. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Differential P1 arginine and lysine recognition in the prototypical proprotein convertase Kex2.
著者: Wheatley, J.L. / Holyoak, T.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.52017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kexin
B: Kexin
C: Ac-RERK-CMK inhibitor
D: Ac-RERK-CMK inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,26415
ポリマ－111,6624
非ポリマー1,60211
水12,809711
1
A: Kexin
C: Ac-RERK-CMK inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6848
ポリマ－55,8312
非ポリマー8536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
2
B: Kexin
D: Ac-RERK-CMK inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5807
ポリマ－55,8312
非ポリマー7495
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.851, 112.851, 370.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-910-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Kexin / KEX2 protease / Proteinase YSCF


分子量: 55180.754 Da / 分子数: 2 / 断片: secreted soluble kex2 / 変異: Kex2-delta-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: KEX2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P13134, kexin
#2: タンパク質・ペプチド Ac-RERK-CMK inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 650.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized.
参照: N~2~-acetyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-N~5~- [amino(iminio)methyl]-L-ornithinamide

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 718分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAINS C,D) IS ACE-ARG-GLU-ARG-LYS-CHLOROMETHYLKETONE. UPON ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAINS C,D) IS ACE-ARG-GLU-ARG-LYS-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO OG SER 385 FORMING A HEMIKETAL LYK AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 213
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 2.4 M Ammonium Sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日
詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated) Bent Ge(111) monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.2 % / Av σ(I) over netI: 15.1 / 数: 1517697 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.06 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 107215 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095098.510.0461.05919.2
3.254.0910010.0521.0620.7
2.843.2510010.0651.02120.9
2.582.8410010.1041.05619.4
2.392.5810010.1431.0516.5
2.252.3910010.1971.10314.4
2.142.2510010.2781.15512
2.052.1410010.3151.0337.5
1.972.0597.310.330.9794
1.91.9770.710.3540.9562.6
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 107215 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.972.60.354170.7
1.97-2.0540.33197.3
2.05-2.147.50.3151100
2.14-2.25120.2781100
2.25-2.3914.40.1971100
2.39-2.5816.50.1431100
2.58-2.8419.40.1041100
2.84-3.2520.90.0651100
3.25-4.0920.70.0521100
4.09-5019.20.046198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R64

1r64


解像度: 1.9→40.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.08 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20604 5345 5 %RANDOM
Rwork0.17709 ---
obs0.17853 101674 96.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.635 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.17 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.51 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7479 0 97 711 8287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.95410880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4535.0391033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62724.565379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.322151293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8251546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.25383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.223
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.54884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59427882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20433252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0774.52968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 277 -
Rwork0.312 4983 -
obs--65.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.1315-2.64814.509821.5486-18.410931.93630.4015-3.28990.42681.0723-0.16381.1116-0.89090.055-0.23770.340.18690.08650.7804-0.16140.3906-27.8332-21.502131.6809
24.2199-3.1667-0.3492.7069-1.862913.68870.1576-0.04150.00420.11350.00990.8464-0.1552-0.8585-0.16750.06410.15820.03940.14690.00530.2622-27.2958-28.721424.282
30.89060.6676-0.41113.9162-3.26962.75730.0988-0.18690.30090.24950.0250.4499-0.2927-0.2057-0.12390.1270.16160.02960.0037-0.00940.115-16.9433-28.439930.8633
41.5621-0.0222-0.70411.46450.55822.03-0.04580.1950.2903-0.23120.05680.2743-0.3154-0.3922-0.01110.19850.1616-0.07880.03890.07870.182-18.0824-24.87929.3672
514.8449.7958-3.84267.1036-3.60034.5869-0.66460.4906-0.6665-0.73690.3026-0.24970.12660.15450.3620.30570.0359-0.01730.0970.03570.0689-1.6188-31.6771-3.2504
61.6259-0.1855-0.07882.633-0.34691.7802-0.01150.21540.2388-0.32340.0640.1621-0.3654-0.0677-0.05250.24790.0547-0.0184-0.02420.0690.1156-5.1537-23.23756.0074
712.63910.4063-4.12574.8363-0.56963.6099-0.51551.2119-0.7577-0.78860.25760.09940.4128-0.35570.25790.115-0.02570.03690.0466-0.06160.07465.1226-44.176110.9493
81.76940.6631-0.56734.5604-0.89312.2834-0.05420.2770.2725-0.34020.06960.0982-0.48880.1265-0.01540.2265-0.008-0.0154-0.0440.05770.0761.913-22.66278.4374
93.46135.8072-4.237827.4443-4.92885.4572-0.2048-0.0048-0.0291-0.2509-0.19960.530.1968-0.23410.40440.03510.04670.0183-0.0019-0.00570.10132.771-42.759619.0055
101.05860.1734-0.22740.4059-0.07441.3338-0.01570.0050.0862-0.09160.0180.0805-0.2454-0.0463-0.00220.06560.07280.0169-0.06660.00320.0645-5.6325-33.794920.988
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121.4627-0.02050.39481.42030.34660.5406-0.0512-0.09910.394-0.04320.11520.013-0.4381-0.092-0.0640.22460.0810.0072-0.0523-0.01080.1756-3.5319-17.826922.0284
136.57335.6697-0.365911.2366-0.81613.30260.2025-0.5389-0.04290.1892-0.2541-0.1845-0.29580.18570.05160.09490.03560.00590.0781-0.04660.0125.4718-29.607834.4022
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163.3457-2.36230.650525.0377-0.6171.03670.0773-0.23070.45510.9978-0.0619-1.034-0.39360.5549-0.01540.1985-0.10950.05180.2133-0.05780.054326.6849-26.171223.134
171.6875-0.2761-0.39142.23950.67471.0752-0.0154-0.10180.07220.06050.0131-0.0129-0.14040.16490.00230.0578-0.00740.02520.02080.00120.004815.6335-34.086220.1472
1811.52658.11391.217311.3011.40333.5693-0.18760.1584-0.2328-0.53320.27630.44540.00060.3183-0.0886-0.00140.04840.04770.0040.00140.055214.617-46.22510.7655
191.7945-0.0808-0.11241.77590.57970.946-0.056-0.0980.0720.05090.0584-0.0799-0.18940.2901-0.00240.0905-0.03660.04220.04250.00530.016919.4753-32.853719.5161
2015.0148-18.65635.510524.2161-2.264522.3097-0.0410.75111.4016-1.1685-1.1991-1.1754-2.46570.82011.24010.5119-0.28220.12840.09470.06570.583616.1099-5.229615.6047
215.92431.57741.63927.03022.131519.1809-0.31960.5226-0.0967-0.69640.1562-0.722-0.73431.14360.16340.32250.0040.16930.4502-0.13640.187-0.6306-68.5207-25.1963
223.8634-2.87450.226312.85782.03753.06590.12650.8827-0.0315-0.9861-0.2294-0.385-0.25610.06320.10280.14870.07060.0820.334-0.02350.0342-9.5409-62.4796-20.0237
232.0381-0.6224-0.30831.35740.60232.0724-0.03040.1973-0.2075-0.34210.0913-0.2270.28420.3456-0.0610.09260.11350.06210.1482-0.08640.1053-4.0131-72.4641-9.9188
242.98570.3076-2.65743.6125-1.2417.3837-0.17670.2856-0.6659-0.33430.0849-0.11481.2080.09940.09180.36370.0605-0.01120.0688-0.12260.2758-12.6259-86.8843-8.2042
253.2168-0.75563.24355.1948-4.702910.25770.20250.4469-0.6048-0.37560.29340.60340.8414-0.5159-0.49590.3775-0.0751-0.01120.2369-0.12110.3085-22.5214-86.1217-7.9251
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271.14010.7285-0.51281.8977-0.9714.08650.09190.1717-0.36770.0380.0117-0.02970.6163-0.1462-0.10360.15930.057-0.00990.0545-0.06540.1838-15.0518-81.2901-1.351
282.275-0.95140.51571.7721-0.13282.29940.018-0.0001-0.3107-0.0475-0.0560.01410.428-0.06680.0380.04020.02370.01210.0226-0.00590.1038-16.2937-72.91846.1337
290.8103-0.13210.25910.42370.21663.2486-0.00950.1582-0.0879-0.11-0.0573-0.0294-0.0354-0.11010.0668-0.04960.0537-0.00940.0685-0.0230.0305-18.96-61.1590.3266
301.397-0.75390.09861.4915-0.07381.8599-0.0320.3115-0.2093-0.2116-0.00750.07850.2194-0.02740.03940.07650.04510.0460.1283-0.0570.0602-14.3313-68.7797-11.513
310.47730.3485-0.661.86970.71963.3929-0.0626-0.0052-0.156-0.13380.1291-0.20250.16430.5681-0.0665-0.06610.11010.03650.1494-0.01590.1321-0.5407-66.03424.9727
3217.2595-9.1384-2.93967.46160.90060.66460.48560.53050.8014-0.581-0.3187-0.4453-0.33220.0764-0.16680.14530.06090.04590.09290.02020.1167-11.4978-48.9319-5.3849
332.2196-0.2696-0.74191.57630.40963.0148-0.01010.12410.0606-0.1779-0.1364-0.1376-0.20130.04710.1465-0.02240.04540.00430.04820.03140.0224-11.2597-51.6831.6712
343.05820.1026-1.41340.73281.43078.87370.0430.0254-0.0524-0.02690.1082-0.2608-0.15650.9223-0.1512-0.070.11980.03150.1229-0.01350.15861.7659-63.04856.943
357.129-2.23663.17513.8144-3.22085.0459-0.3083-0.19840.49320.31510.0675-0.1365-0.5157-0.43030.24090.00440.0905-0.00230.0912-0.07530.0592-27.0161-51.88424.6357
360.8328-0.9653-1.43812.75910.57193.214-0.0712-0.0893-0.02910.2104-0.0827-0.2321-0.20890.44980.1539-0.04850.0231-0.03080.08790.03810.085-5.9249-55.295124.4518
372.27310.47250.60240.82390.22022.0179-0.01330.1280.0388-0.05720.00190.0632-0.211-0.33370.0114-0.06140.0905-0.01140.0794-0.00490.0285-26.0855-54.54113.9923
386.01-4.02125.2143.1778-4.90268.6266-0.01770.2312-0.3729-0.01710.17540.22660.2685-0.7278-0.1576-0.05120.0332-0.01180.2292-0.02230.0748-35.369-62.004614.6503
391.58430.04550.09910.93990.03281.5964-0.0077-0.04420.119-0.0129-0.03970.0547-0.0878-0.17040.0473-0.06510.0712-0.01070.03120.00620.0324-21.7065-54.778818.4565
401.79090.97-0.633125.1984-1.44628.8392-0.087-0.6632-0.58031.2096-0.32380.11271.15721.48990.4108-0.01310.11970.01660.34870.1010.2343.7103-65.809724.07
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA122 - 1329 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2AA133 - 14120 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3AA142 - 15629 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4AA157 - 24644 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5AA247 - 256134 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6AA257 - 276144 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7AA277 - 283164 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8AA284 - 316171 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9AA317 - 322204 - 209
10X-RAY DIFFRACTION10AA323 - 375210 - 262
11X-RAY DIFFRACTION11AA376 - 386263 - 273
12X-RAY DIFFRACTION12AA387 - 422274 - 309
13X-RAY DIFFRACTION13AA423 - 437310 - 324
14X-RAY DIFFRACTION14AA438 - 454325 - 341
15X-RAY DIFFRACTION15AA455 - 481342 - 368
16X-RAY DIFFRACTION16AA482 - 500369 - 387
17X-RAY DIFFRACTION17AA501 - 542388 - 429
18X-RAY DIFFRACTION18AA543 - 549430 - 436
19X-RAY DIFFRACTION19AA550 - 594437 - 481
20X-RAY DIFFRACTION20AA595 - 600482 - 487
21X-RAY DIFFRACTION21BB122 - 1369 - 23
22X-RAY DIFFRACTION22BB137 - 15224 - 39
23X-RAY DIFFRACTION23BB153 - 17940 - 66
24X-RAY DIFFRACTION24BB180 - 19967 - 86
25X-RAY DIFFRACTION25BB200 - 21287 - 99
26X-RAY DIFFRACTION26BB214 - 228101 - 115
27X-RAY DIFFRACTION27BB229 - 263116 - 150
28X-RAY DIFFRACTION28BB264 - 319151 - 206
29X-RAY DIFFRACTION29BB320 - 355207 - 242
30X-RAY DIFFRACTION30BB356 - 399243 - 286
31X-RAY DIFFRACTION31BB400 - 417287 - 304
32X-RAY DIFFRACTION32BB418 - 426305 - 313
33X-RAY DIFFRACTION33BB427 - 448314 - 335
34X-RAY DIFFRACTION34BB449 - 468336 - 355
35X-RAY DIFFRACTION35BB469 - 487356 - 374
36X-RAY DIFFRACTION36BB488 - 507375 - 394
37X-RAY DIFFRACTION37BB508 - 542395 - 429
38X-RAY DIFFRACTION38BB543 - 550430 - 437
39X-RAY DIFFRACTION39BB551 - 594438 - 481
40X-RAY DIFFRACTION40BB595 - 600482 - 487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る