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- PDB-6sq8: Structure of amide bond synthetase McbA from Marinactinospora the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sq8
タイトルStructure of amide bond synthetase McbA from Marinactinospora thermotolerans
要素Fatty acid CoA ligase
キーワードLIGASE / McbA / amide / ATP / ANL enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity, forming carbon-sulfur bonds / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-EQ2 / Fatty acid CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Rowlinson, B. / Petchey, M. / Grogan, G.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Biocatalytic Synthesis of Moclobemide Using the Amide Bond Synthetase McbA Coupled with an ATP Recycling System.
著者: Petchey, M.R. / Rowlinson, B. / Lloyd, R.C. / Fairlamb, I.J.S. / Grogan, G.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid CoA ligase
B: Fatty acid CoA ligase
C: Fatty acid CoA ligase
D: Fatty acid CoA ligase
E: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,74915
ポリマ－265,7415
非ポリマー3,00710
水8,287460
1
A: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,1481
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,1481
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,1481
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,1481
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Fatty acid CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,1481
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.085, 131.028, 196.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHRAA-1 - 4942 - 497
21PROPROTHRTHRBB-1 - 4942 - 497
12PROPROTHRTHRAA-1 - 4942 - 497
22PROPROTHRTHRCC-1 - 4942 - 497
13PROPROPHEPHEAA-1 - 4932 - 496
23PROPROPHEPHEDD-1 - 4932 - 496
14METMETTHRTHRAA1 - 4944 - 497
24METMETTHRTHREE1 - 4944 - 497
15PROPROASPASPBB-1 - 4952 - 498
25PROPROASPASPCC-1 - 4952 - 498
16PROPROTHRTHRBB-1 - 4942 - 497
26PROPROTHRTHRDD-1 - 4942 - 497
17METMETASPASPBB1 - 4954 - 498
27METMETASPASPEE1 - 4954 - 498
18PROPROTHRTHRCC-1 - 4942 - 497
28PROPROTHRTHRDD-1 - 4942 - 497
19METMETASPASPCC1 - 4954 - 498
29METMETASPASPEE1 - 4954 - 498
110METMETTHRTHRDD1 - 4944 - 497
210METMETTHRTHREE1 - 4944 - 497

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid CoA ligase


分子量: 53148.266 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4R1U5
#2: 化合物
ChemComp-EQ2 / 1-ethanoyl-9~{H}-pyrido[3,4-b]indole-3-carboxylic acid / 1-アセチル-β-カルボリン-3-カルボン酸


分子量: 254.241 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M sodium citrate pH 7.5; 6% (w/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→65.54 Å / Num. obs: 95977 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6982 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H1B

6h1b


解像度: 2.59→65.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 13.662 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.297
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 4768 5 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2146 91126 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.51 Å2 / Biso mean: 38.567 Å2 / Biso min: 2.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å2-0 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→65.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17991 0 183 460 18634
Biso mean--58.67 27.65 -
残基数----2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01418641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.66125547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.871.62938793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.76552441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.40819.748874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.949152611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.25115170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0221500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023308
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145910.06
12B145910.06
21A146670.06
22C146670.06
31A146480.07
32D146480.07
41A138630.09
42E138630.09
51B146840.07
52C146840.07
61B145860.07
62D145860.07
71B139980.1
72E139980.1
81C146330.07
82D146330.07
91C139360.1
92E139360.1
101D138480.1
102E138480.1
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.656 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 347 -
Rwork0.344 6536 -
obs--98.54 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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