PDB-6h1b: Structure of amide bond synthetase Mcba K483A mutant from Marinac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h1b

タイトル

Structure of amide bond synthetase Mcba K483A mutant from Marinactinospora thermotolerans

要素

Fatty acid CoA ligase

キーワード

LIGASE / McbA / amide / ATP / ANL enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity, forming carbon-sulfur bonds / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rowlinson, B. / Petchey, M. / Cuetos, A. / Frese, A. / Dannevald, S. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Broad Aryl Acid Specificity of the Amide Bond Synthetase McbA Suggests Potential for the Biocatalytic Synthesis of Amides.
著者: Petchey, M. / Cuetos, A. / Rowlinson, B. / Dannevald, S. / Frese, A. / Sutton, P.W. / Lovelock, S. / Lloyd, R.C. / Fairlamb, I.J.S. / Grogan, G.

履歴

登録	2018年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月2日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.1	2023年3月8日	Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h1b.cif.gz	455.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h1b.ent.gz	367.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gxqS 6g7y PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1os1-d 4ml8-4 6sq8-4 6at2-d 4u5q-1 1k3d-d 4tw2-1 4ml8-3 1the-d 2pxz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid CoA ligase

B: Fatty acid CoA ligase

C: Fatty acid CoA ligase

D: Fatty acid CoA ligase

E: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

269 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Fatty acid CoA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.234, 130.738, 196.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	THR	THR	A	A	-1 - 494	3 - 498
2	1	PRO	PRO	THR	THR	B	B	-1 - 494	3 - 498
1	2	PRO	PRO	THR	THR	A	A	-1 - 494	3 - 498
2	2	PRO	PRO	THR	THR	C	C	-1 - 494	3 - 498
1	3	PRO	PRO	THR	THR	A	A	-1 - 494	3 - 498
2	3	PRO	PRO	THR	THR	D	D	-1 - 494	3 - 498
1	4	MET	MET	THR	THR	A	A	1 - 494	5 - 498
2	4	MET	MET	THR	THR	E	E	1 - 494	5 - 498
1	5	PRO	PRO	THR	THR	B	B	-1 - 494	3 - 498
2	5	PRO	PRO	THR	THR	C	C	-1 - 494	3 - 498
1	6	PRO	PRO	THR	THR	B	B	-1 - 494	3 - 498
2	6	PRO	PRO	THR	THR	D	D	-1 - 494	3 - 498
1	7	MET	MET	THR	THR	B	B	1 - 494	5 - 498
2	7	MET	MET	THR	THR	E	E	1 - 494	5 - 498
1	8	PRO	PRO	THR	THR	C	C	-1 - 494	3 - 498
2	8	PRO	PRO	THR	THR	D	D	-1 - 494	3 - 498
1	9	MET	MET	ASP	ASP	C	C	1 - 495	5 - 499
2	9	MET	MET	ASP	ASP	E	E	1 - 495	5 - 499
1	10	MET	MET	THR	THR	D	D	1 - 494	5 - 498
2	10	MET	MET	THR	THR	E	E	1 - 494	5 - 498

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Fatty acid CoA ligase 分子量: 53218.293 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4R1U5
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-EQ2 / 1-ethanoyl-9~{H}-pyrido[3,4-b]indole-3-carboxylic acid 分子量: 254.241 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₁₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1. 6 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→108.83 Å / Num. obs: 75674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.26 / R_pim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.86 Å / R_merge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC_1/2: 0.67 / R_pim(I) all: 0.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GXQ

4gxq

解像度: 2.8→101.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 16.689 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.354 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24775	3618	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20396	-	-	-
obs	0.20605	71980	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.69 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→101.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17686	0	206	196	18088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.014	18329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	16365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.661	25137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	1.63	37975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7	5	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.354	19.658	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.645	15	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.33	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	21156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.412	5.157	9730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.412	5.157	9729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.798	7.727	12132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.797	7.728	12133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.479	5.319	8599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.479	5.319	8600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.857	7.877	13004
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.792	60.481	19286
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.792	60.48	19287
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14318	0.06
1	2	B	14318	0.06
2	1	A	14373	0.06
2	2	C	14373	0.06
3	1	A	14477	0.06
3	2	D	14477	0.06
4	1	A	13706	0.09
4	2	E	13706	0.09
5	1	B	14291	0.06
5	2	C	14291	0.06
6	1	B	14366	0.05
6	2	D	14366	0.05
7	1	B	13583	0.09
7	2	E	13583	0.09
8	1	C	14347	0.06
8	2	D	14347	0.06
9	1	C	13597	0.09
9	2	E	13597	0.09
10	1	D	13615	0.09
10	2	E	13615	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	282	-
R_work	0.327	5258	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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