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- PDB-6vg8: Crystal structure of the DNA binding domains of human FLI1 and Ru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vg8
タイトルCrystal structure of the DNA binding domains of human FLI1 and Runx2 in complex with 16-mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*G)-3')
  • Friend leukemia integration 1 transcription factor
  • Runt-related transcription factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / Oncogenesis / Ewing sarcoma / Enhancer / Bone cancer / Leukemia / ETS-family / Runt-family
機能・相同性
機能・相同性情報


ligamentous ossification / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / chondrocyte development / RUNX2 regulates bone development / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / bHLH transcription factor binding / positive regulation of chondrocyte differentiation / response to sodium phosphate ...ligamentous ossification / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / chondrocyte development / RUNX2 regulates bone development / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / bHLH transcription factor binding / positive regulation of chondrocyte differentiation / response to sodium phosphate / hemostasis / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / endochondral ossification / SMAD protein signal transduction / embryonic cranial skeleton morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / blood circulation / osteoblast development / megakaryocyte development / smoothened signaling pathway / bone mineralization / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / hemopoiesis / T cell differentiation / regulation of ossification / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of smoothened signaling pathway / cell maturation / ossification / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / animal organ morphogenesis / neuron differentiation / chromatin DNA binding / osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / SAM / Pointed domain ...Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Friend leukemia integration 1 transcription factor / Runt-related transcription factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.31 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)PC150300P1 米国
Department of Defense (DOD, United States)PC150300P2 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Allosteric interference in oncogenic FLI1 and ERG transactions by mithramycins.
著者: Hou, C. / Mandal, A. / Rohr, J. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
B: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*G)-3')
D: Runt-related transcription factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5984
ポリマ－35,5984
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.427, 104.427, 326.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Friend leukemia integration 1 transcription factor / Proto-oncogene Fli-1 / Transcription factor ERGB


分子量: 12098.655 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal GPHM sequence is the remainder of an affinity tag after its cleavage and removal.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01543
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4954.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA oligomer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4843.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA oligomer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Runt-related transcription factor 2 / Acute myeloid leukemia 3 protein / Core-binding factor subunit alpha-1 / CBF-alpha-1 / Oncogene AML- ...Acute myeloid leukemia 3 protein / Core-binding factor subunit alpha-1 / CBF-alpha-1 / Oncogene AML-3 / Osteoblast-specific transcription factor 2 / OSF-2 / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 alpha A subunit / PEBP2-alpha A / SL3-3 enhancer factor 1 alpha A subunit / SL3/AKV core-binding factor alpha A subunit


分子量: 13701.669 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUNX2, AML3, CBFA1, OSF2, PEBP2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13950

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7% w/v PEG 4000, 50 mM Na Citrate, pH 5.6, 4% v/v isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 16635 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.25→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.433 / Num. unique obs: 696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JVT

5jvt


解像度: 4.31→34.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 74.824 / SU ML: 0.835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.709
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2827 409 5.3 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.2736 7298 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 410.55 Å2 / Biso mean: 246.997 Å2 / Biso min: 165.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.15 Å23.08 Å20 Å2
2--6.15 Å20 Å2
3----19.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.31→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 656 0 0 2376
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0181984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.53509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1771.8444608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9285214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.04320.594101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3315297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5651517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02568
LS精密化 シェル解像度: 4.31→4.418 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.621 31 -
Rwork0.513 498 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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