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Yorodumi- PDB-3qd9: C72S/C353S mutant of Trypanosoma brucei QSOX containing an interd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qd9 | ||||||
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Title | C72S/C353S mutant of Trypanosoma brucei QSOX containing an interdomain disulfide | ||||||
Components | QSOX from Trypanosoma brucei (TbQSOX) | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ERV fold / thioredoxin fold / sulfhydryl oxidase / disulfide bond | ||||||
Function / homology | Function and homology information flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / thiol oxidase activity / protein disulfide isomerase activity / protein folding / nucleotide binding / extracellular space / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Alon, A. / Fass, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: The dynamic disulphide relay of quiescin sulphydryl oxidase. Authors: Alon, A. / Grossman, I. / Gat, Y. / Kodali, V.K. / DiMaio, F. / Mehlman, T. / Haran, G. / Baker, D. / Thorpe, C. / Fass, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qd9.cif.gz | 333.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qd9.ent.gz | 273.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qd9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qd9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3q6oC 3qcpSC 3t58C 3t59C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 52209.336 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 20-485 / Mutation: C72S, C353S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Gene: QSOX, Tb927.6.1850 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): origami 2 / References: UniProt: Q585M6, thiol oxidase #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate, 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9769 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9769 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. all: 29616 / Num. obs: 29261 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.48 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3QCP Resolution: 3.3→38.107 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / Phase error: 24.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.546 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→38.107 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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