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- PDB-6vfd: Tryptophan synthase mutant Q114A in complex with cesium ion at th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfd
タイトルTryptophan synthase mutant Q114A in complex with cesium ion at the metal coordination site and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1D0 / : / SERINE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hilario, E. / Fan, L. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM097569-06A1 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Tryptophan synthase mutant Q114A in complex with cesium ion at the metal coordination site and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site.
著者: Hilario, E. / Fan, L. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
履歴
登録2020年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,19238
ポリマ－71,5612
非ポリマー2,63136
水12,611700
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,38376
ポリマ－143,1214
非ポリマー5,26272
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area17480 Å2
ΔGint-387 kcal/mol
Surface area44280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.079, 59.340, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-416-

CS

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, DD95_04145 / プラスミド: PEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutant beta-Q114A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149
参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase beta chain (EC) / Tryptophan synthase subunit beta


分子量: 42861.828 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q114A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB, AAP89_02045, ABO94_19170, AF480_03975, AF488_06015, AF489_02660, AIC76_02215, AU613_22485, AXR84_21850, AXU58_18720, C2253_17845, CD48_01255, CE87_00490, CET98_00490, CQG18_02715, ...遺伝子: trpB, AAP89_02045, ABO94_19170, AF480_03975, AF488_06015, AF489_02660, AIC76_02215, AU613_22485, AXR84_21850, AXU58_18720, C2253_17845, CD48_01255, CE87_00490, CET98_00490, CQG18_02715, CVR97_02985, D4369_03495, D4380_02480, D4401_03780, D4E62_00155, D6360_05135, D7F20_01770, D7H43_22440, DD95_04150, DJ388_09100, DKJ11_03255, DKU57_01740, DLM31_00170, DNV30_02640, DO698_02865, DOJ90_01720, DOQ88_05395, DQ848_22185, DRM14_00170, DSF69_00170, DSR36_00155, DUW48_00170, E2F01_02625, EBO41_01950, EBP31_03920, EGU67_04975, EHB24_02705, EHC98_05585, EIW53_01745, F0A00_14785, F0A01_15745, F0A02_08960, F0A03_20195, F0A04_22070, F0A05_01740, F0A06_01905, F0A07_12870, F0A08_01425, F0U66_12100, FKA80_16460, FKA81_16995, FKA82_17080, FKA83_17705, FKA84_18900, FKA85_16755, FKA86_15095, FKA87_20420, FKA88_00465, FKA89_17495, FKA90_04050, FKA91_03380, FKA92_00475, FKA93_04425, FKA94_02440, FKA95_00475, FKA96_03185, FKA97_05420, FKA98_04655, FKA99_00465, FKB00_08210, FKB01_00475, FKB02_00470, FKB03_06095, FKB12_08200, FKB15_09545, FKB19_17260, FYL57_17810, FYL66_01025, FYL68_08225, FYL69_04355, FYL71_20365, FYL73_06975, FYL74_10415, FYL75_12085, FYL77_17200, FYL81_18315, FYL84_11395, FYL90_05690, FYL92_04810, FYL93_03130, FYL94_11585, FYL96_18520, FYM06_17485, FYM08_08630, FYM09_19335, FYM12_03600, FYM54_08665, FZ992_19115, FZ993_02220, FZ994_08290, FZ995_12310, FZ996_09230, FZ997_15170, FZ998_14625, FZ999_17455, GW08_03175, JO10_00490, LZ63_02660, NG18_14010, NU83_02660, QA89_14465, QB40_00170, QD15_05225, RJ78_16500, SAMEA4398682_02247, UPM260_1493, Y934_00965, YG50_13195, YI33_00155, YR17_00170, YT65_03520, ZA53_18735, ZB89_05455, ZC54_00170
プラスミド: PEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutant beta-Q114A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149
参照: UniProt: A0A5K1VAP1, UniProt: P0A2K1*PLUS, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 7種, 736分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-1D0 / (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]-3-[(2-hydroxyphenyl)amino]propanoic acid


分子量: 425.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 % / 解説: large plate-like crystal (200 x 100 x 100)
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 4 mM spermine / PH範囲: 7.6-8.0 / Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cobra System / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年9月28日 / 詳細: Varimax Confocal Max-Flux
放射モノクロメーター: Osmic Varimax HF ArcSec / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→91.212 Å / Num. all: 93786 / Num. obs: 93786 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 6.5 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 316674
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.693.20.36239804126180.2420.4360.36291
1.69-1.793.30.2592.843066129610.1680.310.2592.999.1
1.79-1.913.30.193.740547122720.1220.2270.194.199.5
1.91-2.073.30.1325.238003114530.0840.1570.1326.499.9
2.07-2.263.40.0996.835468105450.0630.1180.0999100
2.26-2.533.40.0778.53269695800.0480.0910.07710.9100
2.53-2.923.50.0659.82984584510.040.0770.06513.8100
2.92-3.583.60.05710.72593771950.0340.0660.05718.3100
3.58-5.063.60.04613.22025755810.0280.0540.04621.8100
5.06-36.8983.50.04911.31105131300.030.0570.04920.399.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.495
最高解像度最低解像度
Rotation36.9 Å1.87 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 93268
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.67-10035.80.911634
6.13-8.67410.8941138
5.01-6.1339.20.8781456
4.34-5.0130.10.9131705
3.88-4.3427.80.9121922
3.54-3.8826.40.9212117
3.28-3.5426.20.9052307
3.07-3.2826.90.8912440
2.89-3.0727.50.8852623
2.74-2.8926.60.8792752
2.61-2.7425.60.8882888
2.5-2.6126.50.8862977
2.41-2.525.10.883151
2.32-2.4125.30.8783272
2.24-2.3223.30.8953335
2.17-2.2423.20.8933483
2.1-2.1724.20.8883605
2.04-2.123.70.8783691
1.99-2.0426.40.8713862
1.94-1.9925.90.8563940
1.89-1.9426.60.8524008
1.85-1.8927.20.8364086
1.81-1.8527.70.8314260
1.77-1.8129.10.8424242
1.73-1.7728.20.8324363
1.7-1.7329.80.8294454
1.67-1.731.60.8044542
1.64-1.6733.40.7844613
1.6-1.6442.40.7165402

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP7.0.078位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPJ

4hpj


解像度: 1.7→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.475 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 3952 5 %RANDOM
Rwork0.1945 ---
obs0.1959 75065 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.1 Å2 / Biso mean: 30.43 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2---0.31 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4903 0 119 733 5755
Biso mean--43.16 39.01 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.6327116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3135682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54122.031261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44115873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0521533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024059
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 350 -
Rwork0.281 5423 -
all-5773 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4314-1.0227-0.31872.1670.02182.03590.1115-0.26650.16520.2553-0.0723-0.31530.11990.4026-0.03930.2245-0.0877-0.01990.17340.03380.289951.87512.076711.9259
22.20631.1621-0.52963.2863-0.12410.87150.2411-0.14940.27720.23-0.17640.0913-0.210.0464-0.06470.0965-0.0340.03840.09090.00410.156437.78369.98188.6885
31.599-0.1399-1.59266.4578-1.18075.7879-0.0079-0.2686-0.2080.1497-0.2819-0.12760.25920.17150.28980.1105-0.0423-0.08570.21690.04860.23946.4692-4.829116.006
41.42210.0410.69214.67850.79421.6616-0.0882-0.3707-0.2050.90640.01960.13990.17060.26540.06860.3343-0.0166-0.08030.39760.02860.342652.24783.03923.4314
54.2399-3.25350.19547.25471.31390.4706-0.0367-0.1797-0.08750.3690.03980.10730.0445-0.0503-0.00310.35660.00070.01210.224-0.02830.305337.407624.114422.7378
66.4247-6.04923.60255.9447-3.36922.59940.0282-0.03540.48010.1134-0.0291-0.3784-0.180.15880.00090.3376-0.0662-0.02210.2549-0.0430.392249.320924.366720.9129
72.14920.8303-0.87960.9899-0.87782.61330.0135-0.1189-0.25150.0864-0.0896-0.2462-0.02070.39990.07610.0530.0203-0.02760.10130.01010.08127.6658-12.87519.6785
80.7812-0.0435-0.1480.9065-0.33162.30310.0442-0.2596-0.1308-0.0033-0.0396-0.02750.2207-0.1807-0.00460.0389-0.0415-0.00770.11840.05040.02551.2029-17.46127.9035
91.03270.34460.3640.61480.48592.57160.0482-0.2250.0317-0.00110.0008-0.0712-0.25020.2342-0.0490.0596-0.02970.00890.1013-0.01160.023710.2106-8.528230.3866
101.3470.5988-0.75430.9288-0.51062.8020.15660.09960.2939-0.0093-0.02850.1496-0.64030.0259-0.12810.363-0.05440.01870.1316-0.01090.192313.6497.161932.1052
112.89240.454-0.27960.7005-0.07861.65630.0832-0.17170.06940.0334-0.0803-0.0439-0.06580.207-0.00290.04630.0069-0.00380.046-0.00130.006812.5555-11.310221.2453
121.21990.153-0.02473.5356-0.70041.3619-0.03170.09740.022-0.3139-0.0026-0.09980.00420.03940.03430.03740.00660.00090.0340.00370.02315.9471-4.20187.4932
133.97630.34120.37694.4893-0.9040.23550.06090.09590.72090.0784-0.07020.2957-0.0220.03760.00940.0879-0.00830.04570.12530.01010.153420.80482.89438.4295
142.4539-1.1664-0.21430.84170.27741.21820.0516-0.02290.2686-0.00590.046-0.1993-0.0860.1099-0.09770.01870.0040.00890.03480.00160.058111.1475-3.988111.3209
151.30060.5627-0.46750.8105-0.07942.20050.01110.05750.12320.01310.00280.0784-0.1151-0.2201-0.01390.02520.014-0.01010.02350.0020.0215-6.3773-2.885413.8764
162.1510.22950.89021.59240.64753.7091-0.0441-0.11590.410.12670.03850.1757-0.4533-0.18070.00560.09190.00860.03060.08490.00630.1061-6.9124-0.342618.6466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4A193 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5A235 - 247
6X-RAY DIFFRACTION6A248 - 268
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8B38 - 70
9X-RAY DIFFRACTION9B71 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10B127 - 165
11X-RAY DIFFRACTION11B166 - 244
12X-RAY DIFFRACTION12B245 - 273
13X-RAY DIFFRACTION13B274 - 295
14X-RAY DIFFRACTION14B296 - 322
15X-RAY DIFFRACTION15B323 - 365
16X-RAY DIFFRACTION16B366 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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