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- PDB-6v3n: Crystal structure of CDYL2 in complex with H3K27me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3n
タイトルCrystal structure of CDYL2 in complex with H3K27me3
要素
  • ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2
  • Chromodomain Y-like protein 2
キーワードGENE REGULATION / chromodomain / epigenetics / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes ...Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain ...: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Chromodomain Y-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Qin, S. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain Y-like protein 2
B: Chromodomain Y-like protein 2
C: ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2
D: ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,68316
ポリマ－18,6834
非ポリマー012
水00
1
A: Chromodomain Y-like protein 2
C: ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,34212
ポリマ－9,3422
非ポリマー010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6310 Å2
手法PISA
2
B: Chromodomain Y-like protein 2
D: ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3424
ポリマ－9,3422
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.792, 60.792, 178.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2 / cdyl2


分子量: 7695.596 Da / 分子数: 2 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: タンパク質・ペプチド ACE-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA-ARG-M3L-SER-ALA-PRO-ALA-THR-TYR-NH2


分子量: 1645.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792368 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792368 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.65 Å / Num. obs: 9869 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.7-2.8399.8141.09712560.9151.1383
8.96-44.6598.69.80.0313360.9990.03364.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HAE

4hae


解像度: 2.7→44.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 673 -RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.241 9823 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 90.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2365 Å20 Å20 Å2
2---8.2365 Å20 Å2
3---16.4729 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1192 0 12 0 1204
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2582 --
Rfree-0 -
obs--98.02 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94631.43782.11872.71810.19188.41850.14311.1940.83381.1940.1508-0.3540.8338-0.354-0.29390.4030.0271-0.069-0.2351-0.0607-0.2265-4.6526-0.7595-11.974
22.69454.47415.47110.11636.34453.22690.2704-0.63540.4628-0.63540.05770.80380.46280.8038-0.32810.2747-0.09010.2631-0.4993-0.0245-0.084211.021719.2065.4126
310.23373.60783.162812.08632.163911.7163-0.14411.09890.5841.09890.40370.65170.5840.6517-0.25960.4230.21610.2058-0.410.07190.090710.092435.17868.0326
404.9175-0.96773.69722.9896.4410.42890.9086-0.48010.90860.1779-0.2457-0.4801-0.2457-0.60680.22820.00580.0089-0.3366-0.0282-0.0839-2.809915.5152-13.2226
50.5382-6.05744.248516.41725.594422.6446-0.0011-0.31040.1005-0.31040.2458-0.78170.1005-0.7817-0.24470.58120.06090.1347-0.40550.0399-0.4124-4.7304-3.4192-8.0845
611.06918.73126.72981.1827-0.46735.9889-0.04380.7902-0.38120.79020.1269-0.0049-0.3812-0.0049-0.08310.62120.16980.1845-0.52360.12430.14086.058138.37267.8343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 48}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|49 - 61}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|3 - 48}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|49 - 64}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|*}
6X-RAY DIFFRACTION6{D|*}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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