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- PDB-4hae: Crystal structure of the CDYL2-chromodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hae
タイトルCrystal structure of the CDYL2-chromodomain
要素Chromodomain Y-like protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / chromodomain / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription corepressor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain Y-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Qin, S. / Dombrovski, L. / Tempel, W. / Dong, A. / Xu, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CDYL2-chromodomain
著者: Qin, S. / Dombrovski, L. / Tempel, W. / Dong, A. / Xu, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain Y-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9359
ポリマ－9,8391
非ポリマー968
水39622
1
A: Chromodomain Y-like protein 2
ヘテロ分子

A: Chromodomain Y-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,87018
ポリマ－19,6782
非ポリマー19216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.358, 60.358, 89.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

SO4

21A-209-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT HAS NOT BEEN DETERMINED.

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2


分子量: 9838.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 7008 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.744 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.0319.90.9583331.2321100
2.03-2.0720.80.73360.9111100
2.07-2.1120.80.5493310.9051100
2.11-2.1520.70.4873590.946199.7
2.15-2.220.90.4383220.9791100
2.2-2.2520.90.3753491.0541100
2.25-2.3120.70.3523451.0481100
2.31-2.3720.60.2773341.1571100
2.37-2.4420.90.2363411.1881100
2.44-2.5220.50.2183471.2271100
2.52-2.6120.70.1753451.4081100
2.61-2.7120.40.1553441.4561100
2.71-2.8420.40.1243461.6391100
2.84-2.99200.0993502.0091100
2.99-3.1719.50.0843552.2111100
3.17-3.4218.80.0733502.8091100
3.42-3.7617.30.0673603.364198.4
3.76-4.3115.70.0643673.59199.2
4.31-5.4314.90.0573683.252199.5
5.43-5015.20.064263.682199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model of protein in slightly different crystal form, itself based on molecular replacement with PDB entry 3LWE.

3lwe


解像度: 2→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2458 / WRfactor Rwork: 0.2144 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7951 / SU B: 8.789 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.1596 / SU Rfree: 0.1498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 322 4.6 %RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2181 6972 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.27 Å2 / Biso mean: 56.8114 Å2 / Biso min: 28.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å2-0.78 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---2.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数536 0 12 22 570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.916758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70431105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.779565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.44523.66730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5491589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.395153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02142
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 22 -
Rwork0.256 456 -
all-478 -
obs--97.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.2833 Å / Origin y: 26.4675 Å / Origin z: -5.1475 Å
111213212223313233
T0.0512 Å2-0.0271 Å20.0065 Å2-0.0864 Å20.0029 Å2--0.2026 Å2
L5.0589 °22.1055 °2-1.3001 °2-5.1237 °2-0.5843 °2--2.5962 °2
S0.0964 Å °0.1352 Å °0.9435 Å °0.0819 Å °0.0399 Å °0.1654 Å °-0.3465 Å °0.0634 Å °-0.1363 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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