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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v17 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bromodomain of human BRD7 bound to I-BRD9 | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 7 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / non-BET / bromodomain / PBAF / mSWI/SNF / BP75 / CELTIX1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of mitotic cell cycle / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / kinetochore / Wnt signaling pathway / nuclear matrix / transcription corepressor activity / p53 binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Karim, M.R. / Chan, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains. 著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v17.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v17.ent.gz | 88.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v17 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ppaSC 6uzfC 6v0qC 6v0sC 6v0uC 6v0xC 6v14C 6v16C 6v1bC 6v1eC 6v1fC 6v1hC 6v1kC 6v1lC 6v1uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 132 - 250 / Label seq-ID: 5 - 123
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14394.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD7, BP75, CELTIX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9NPI1 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.05 M Bis-tris (pH 6.5), and 30 % Pentaerythritol ethoxylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→64.75 Å / Num. obs: 16528 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 107062 / Scaling rejects: 372 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PPA 解像度: 2.05→38.588 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.06 Å2 / Biso mean: 46.1175 Å2 / Biso min: 16.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→38.588 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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