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- PDB-6v14: Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TP472 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v14
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TP472
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードGENE REGULATION / BRD9 / mSWI/SNF / BAF / non-BET / BRD / TP472 / TP-472
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QMG / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Karim, M.R. / Chan, A. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains.
著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月1日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6453
ポリマ－14,2501
非ポリマー3952
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.270, 33.860, 37.680
Angle α, β, γ (deg.)104.100, 102.100, 105.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 14249.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-QMG / 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide


分子量: 333.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日
放射モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.904 Å / Num. obs: 11091 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.597 % / Biso Wilson estimate: 21.362 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 30.91 / Num. measured all: 28801 / Scaling rejects: 25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.741.6440.0728.1212188017410.9850.10192.5
1.74-1.791.7180.05710.314128768220.990.0893.8
1.79-1.841.7560.04912.3513087617450.9930.0797.9
1.84-1.91.7920.04114.7913717797650.9950.05798.2
1.9-1.961.8260.03716.713427417350.9960.05299.2
1.96-2.031.8580.03120.1713217147110.9970.04399.6
2.03-2.111.9760.02823.4414237257200.9970.03899.3
2.11-2.192.1530.02627.6814196556590.9980.035100
2.19-2.292.5030.02332.0415776366300.9990.0399.1
2.29-2.42.9770.02535.9318196176110.9980.03199
2.4-2.533.5420.02541.6820475765780.9990.029100
2.53-2.693.70.02344.1920505645540.9990.02798.2
2.69-2.873.7490.02247.8119535225210.9990.02699.8
2.87-3.13.7440.02250.6517674794720.9990.02698.5
3.1-3.43.750.0254.5316654464440.9990.02399.6
3.4-3.83.7510.01859.6215234054060.9990.021100
3.8-4.393.7730.01760.8712983523440.9990.0297.7
4.39-5.383.7010.0259.510772942910.9990.02399
5.38-7.63.5950.02157.728162352270.9990.02496.6
7.6-34.9043.4350.01859.293951271150.9990.02290.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3HME

3hme


解像度: 1.7→34.904 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1709 555 5 %
Rwork0.1446 10536 -
obs0.1459 11091 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.78 Å2 / Biso mean: 17.4963 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→34.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数830 0 29 119 978
Biso mean--16.51 24.61 -
残基数----102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.8710.23081340.159254495
1.871-2.14170.19131410.14932672100
2.1417-2.69810.21061400.14952664100
2.6981-34.9040.12841400.1365265699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3765-1.10110.42673.9404-1.61371.9596-0.0246-0.3194-0.10980.46170.16350.16520.0573-0.0973-0.12250.1819-0.0063-0.00590.1410.01270.082622.2492-6.77267.5935
21.06280.34720.12981.58520.06780.1514-0.02160.09640.0827-0.03020.07450.0176-0.1085-0.0994-0.05210.0926-0.01290.01110.08030.00280.12115.85493.656-4.7403
31.2926-0.2442-0.00710.8231-0.08940.93050.06150.1309-0.084-0.0833-0.0028-0.01210.0160.0275-0.05550.0947-0.0048-0.00020.0932-0.02220.086721.3013-4.5819-8.7226
42.726-0.65640.85332.8767-0.61542.85070.1667-0.3691-0.09790.31780.0581-0.12-0.07510.1552-0.16420.1166-0.0279-0.00680.1639-0.00360.139529.00053.7509-2.5628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 39 )A22 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 49 )A40 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 104 )A50 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 123 )A105 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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