PDB-6v0u: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v0u

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to bromosporine

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

GENE REGULATION / Bromosporine / BRD4 / BRD / BET

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains.
著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2019年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v0u.cif.gz	75.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v0u.ent.gz	53.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/6v0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/6v0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ppaC 6uzfC 6v0qC 6v0sC 6v0xC 6v14C 6v16C 6v17C 6v1bC 6v1eC 6v1fC 6v1hC 6v1kC 6v1lC 6v1uC 3mxfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hq5-d 6dl2-d 6prt-d 4men-d 5m39-2 5igk-d 5mkz-d 6uwx-d 6zci-d 4ioq-d 5i80-d 4z1s-2 6vuj-d 5f62-d 3svf-d 4xy9-d 6swq-d 3zyu-1 6q3y-2 5m3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.850, 42.990, 79.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-BMF / Bromosporine / ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl)carbamate / ブロモスポリン分子量: 404.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₆O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris (pH 8.5), and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→34.868 Å / Num. obs: 26636 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.201 % / B_iso Wilson estimate: 11.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 23.25 / Num. measured all: 191810

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	7.24	0.344	5.67	13871	1948	1916	0.953	0.37	98.4
1.44-1.48	7.269	0.275	6.91	13572	1890	1867	0.97	0.296	98.8
1.48-1.52	7.244	0.209	8.94	13337	1867	1841	0.982	0.225	98.6
1.52-1.57	7.272	0.186	9.94	12857	1785	1768	0.985	0.2	99
1.57-1.62	7.277	0.157	11.91	12553	1744	1725	0.989	0.169	98.9
1.62-1.67	7.263	0.128	14.14	12172	1687	1676	0.992	0.138	99.3
1.67-1.74	7.29	0.117	15.57	11831	1635	1623	0.993	0.126	99.3
1.74-1.81	7.26	0.092	18.9	11413	1580	1572	0.996	0.099	99.5
1.81-1.89	7.277	0.077	22.6	11010	1518	1513	0.997	0.082	99.7
1.89-1.98	7.238	0.066	25.94	10408	1445	1438	0.997	0.072	99.5
1.98-2.09	7.258	0.054	30.97	10031	1383	1382	0.998	0.058	99.9
2.09-2.21	7.208	0.048	34.99	9414	1307	1306	0.998	0.052	99.9
2.21-2.37	7.197	0.046	36.92	8903	1237	1237	0.998	0.05	100
2.37-2.56	7.129	0.044	38.13	8277	1161	1161	0.998	0.048	100
2.56-2.8	7.142	0.041	41.67	7670	1075	1074	0.999	0.044	99.9
2.8-3.13	7.109	0.039	44.29	6889	970	969	0.999	0.042	99.9
3.13-3.61	7.022	0.036	47.45	6165	878	878	0.999	0.039	100
3.61-4.43	6.993	0.034	50.07	5217	746	746	0.999	0.037	100
4.43-6.26	6.861	0.033	49.55	4034	589	588	0.998	0.036	99.8
6.26-34.868	6.14	0.034	46.25	2186	357	356	0.998	0.037	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.11.1-2575_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf

解像度: 1.4→34.868 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	1199	4.5 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1691	26634	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.51 Å² / B_iso mean: 18.2024 Å² / B_iso min: 5.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→34.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1055	0	32	131	1218
B_iso mean	-	-	11.11	26.19	-
残基数	-	-	-	-	126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	1589
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.582	724

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4-1.456	0.2031	129	0.1899	2742	98
1.456-1.5223	0.204	130	0.1709	2759	99
1.5223-1.6026	0.1688	132	0.1617	2789	99
1.6026-1.703	0.182	131	0.1557	2779	99
1.703-1.8344	0.168	131	0.167	2795	100
1.8344-2.019	0.1729	133	0.167	2827	100
2.019-2.3111	0.1712	135	0.1644	2848	100
2.3111-2.9116	0.1934	135	0.1792	2879	100
2.9116-34.868	0.1948	143	0.1653	3017	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6773	-0.9317	1.4785	3.345	-2.2498	3.2153	0.1752	0.064	0.0467	-0.0315	-0.2154	0.3293	-0.0148	0.2358	0.0199	0.1528	0.0145	-0.0107	0.121	-0.0176	0.1082	-14.3497	-0.26	-21.8009
2	2.943	-1.8372	1.4598	7.4473	-2.7504	3.346	-0.2227	0.0874	0.3536	-0.3054	0.0343	-0.4012	-0.6042	0.5571	0.1049	0.2503	-0.104	-0.0456	0.1632	0.035	0.1635	-6.6637	14.9912	-16.6871
3	0.2099	0.2632	-0.2928	0.6978	0.1048	1.0041	-0.1464	0.1271	0.2382	-0.0963	-0.1019	-0.3991	-0.4752	0.763	0.1604	0.1829	-0.0584	-0.0698	0.1877	0.0522	0.206	-3.5161	9.0721	-8.2977
4	3.3524	1.1716	0.1128	4.4532	2.8287	3.2721	0.0011	-0.0577	0.2245	0.3549	-0.1662	-0.4355	-0.1973	0.5931	0.0069	0.0915	-0.0301	-0.0622	0.1366	0.0393	0.1388	-3.8369	2.0376	-0.6727
5	2.9827	0.3942	0.3101	3.3577	-0.979	2.6985	0.001	-0.0985	-0.4695	-0.1051	0.0437	-0.1051	0.2363	-0.0213	0.0051	0.0627	0.0121	-0.0101	0.0771	0.0149	0.1138	-11.4743	-10.6044	-4.2453
6	1.0279	0.1626	0.6084	2.004	-1.7501	3.4219	-0.0621	0.0841	0.0648	-0.095	0.007	-0.0469	-0.0089	0.0919	0.0898	0.0575	0.0022	-0.0041	0.0571	-0.0111	0.0581	-14.1657	0.6063	-13.9448
7	1.1773	2.2923	-2.1858	4.4452	-4.2844	4.6687	-0.0432	0.0128	0.0988	-0.0126	0.1391	0.132	-0.2147	-0.1065	-0.1942	0.0899	0.0099	-0.019	0.073	-0.0038	0.0731	-17.375	5.1691	-7.192
8	4.0853	-2.3173	0.259	4.4656	4.0304	5.5558	-0.1965	-0.7212	0.157	0.6157	0.0329	0.2557	0.0318	-0.4778	0.1344	0.172	0.0801	0.0364	0.3009	-0.0483	0.0203	-17.425	-1.6726	8.1741
9	0.8995	1.0788	-0.6182	5.0485	-3.0982	3.9834	-0.1051	-0.1297	0.296	0.1984	0.1289	0.0961	-0.4489	-0.0828	-0.0609	0.153	0.0087	-0.0454	0.0931	-0.0222	0.1388	-11.0003	10.3621	-0.1324
10	3.4268	-1.4103	-1.2479	4.1694	-1.7464	1.8778	-0.0538	0.5039	0.4609	-0.9979	-0.2312	-0.1452	-1.0603	0.3026	0.3536	0.4931	-0.0139	-0.1223	0.1946	0.0212	0.2606	-10.6397	22.1753	-15.9536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 60 )	A	43 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 68 )	A	61 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 75 )	A	69 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 83 )	A	76 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 96 )	A	84 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 121 )	A	97 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 122 through 139 )	A	122 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 140 through 144 )	A	140 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 162 )	A	145 - 162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 163 through 168 )	A	163 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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