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万見
- PDB-6ulw: Adenylation, ketoreductase, and pseudo Asub multidomain structure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulw
タイトルAdenylation, ketoreductase, and pseudo Asub multidomain structure of a keto acid-selecting NRPS module
要素Amino acid adenylation domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / Nonribosomal peptide synthetase / non-ribosomal peptide synthetase / adenylation / adenylation domain / depsipeptide / cereulide / valinomycin / natural product / adenylate / keto acid / ketoacid / ketoreductase / short chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site ...Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / PKS_KR / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid adenylation domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stratosphericus LAMA 585 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Alonzo, D.A. / Wang, J. / Chiche-Lapierre, C. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of keto acid utilization in nonribosomal depsipeptide synthesis.
著者: Alonzo, D.A. / Chiche-Lapierre, C. / Tarry, M.J. / Wang, J. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid adenylation domain-containing protein
B: Amino acid adenylation domain-containing protein
C: Amino acid adenylation domain-containing protein
D: Amino acid adenylation domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,06713
ポリマ－595,7224
非ポリマー3459
水00
1
A: Amino acid adenylation domain-containing protein
C: Amino acid adenylation domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,0216
ポリマ－297,8612
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area102700 Å2
手法PISA
2
B: Amino acid adenylation domain-containing protein
D: Amino acid adenylation domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,0467
ポリマ－297,8612
非ポリマー1855
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area102290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.660, 143.660, 431.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSER(chain 'A' and (resid 14 through 193 or (resid 194...AA14 - 6114 - 61
12PROPRO(chain 'A' and (resid 14 through 193 or (resid 194...AA83 - 122583 - 1225
23SERSER(chain 'B' and (resid 14 through 61 or resid 83...BB14 - 6114 - 61
24PROPRO(chain 'B' and (resid 14 through 61 or resid 83...BB83 - 122583 - 1225
35SERSER(chain 'C' and (resid 14 through 61 or resid 83...CC14 - 6114 - 61
36PROPRO(chain 'C' and (resid 14 through 61 or resid 83...CC83 - 122583 - 1225
47SERSER(chain 'D' and (resid 14 through 186 or (resid 187...DD14 - 6114 - 61
48PROPRO(chain 'D' and (resid 14 through 186 or (resid 187...DD83 - 122583 - 1225

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要素

#1: タンパク質
Amino acid adenylation domain-containing protein


分子量: 148930.547 Da / 分子数: 4
断片: adenylation, ketoreductase, and pseudo Asub domains (UNP residues 1-1318)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stratosphericus LAMA 585 (バクテリア)
遺伝子: C883_1060 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5R382
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.165 M sodium succinate, 0.24 % v/v PEG2000 MME, 0.02 M HEPES, 0.016 M sodium chloride, 5.9% v/v PEG3350, 0.104 M calcium acetate, 0.01 M phenol
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月12日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→100 Å / Num. obs: 121921 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 141.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.86
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 15106 / CC1/2: 0.136 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4R0M, 4IZ6, 4DG8, 3TSY, 3KXW, 3G7S, 3ETC, 2VSQ, 5D2E, 4L4X, 4J1Q, 4IMP, 4HXY, 3SLK, 3QP9, 3MJT, 2Z5L, & 2FR1

4r0m

4iz6

4dg8

3tsy

3kxw

3g7s

3etc

2vsq

5d2e

4l4x

4j1q

4imp

4hxy

3slk

3qp9

3mjt

2z5l

2fr1


解像度: 3.4→49.11 Å / SU ML: 0.6557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.8326
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 5958 4.96 %
Rwork0.2276 --
obs0.2299 120166 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 181.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37831 0 9 0 37840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00438701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679852449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04415841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00436757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.741323123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.440.48981740.45063253X-RAY DIFFRACTION85.27
3.44-3.480.46851920.43783514X-RAY DIFFRACTION91.82
3.48-3.520.44691820.4243768X-RAY DIFFRACTION99.07
3.52-3.570.43911720.39963794X-RAY DIFFRACTION99.57
3.57-3.610.39682020.36723837X-RAY DIFFRACTION99.56
3.61-3.660.38112170.36923758X-RAY DIFFRACTION99.08
3.66-3.710.40181950.36663780X-RAY DIFFRACTION99.6
3.71-3.770.37232360.33473788X-RAY DIFFRACTION99.55
3.77-3.830.3532100.30833801X-RAY DIFFRACTION99.55
3.83-3.890.36532080.30773791X-RAY DIFFRACTION99.58
3.89-3.960.35471730.30073859X-RAY DIFFRACTION99.73
3.96-4.030.30871750.27713821X-RAY DIFFRACTION99.63
4.03-4.110.37361550.27453876X-RAY DIFFRACTION99.63
4.11-4.190.34222020.26663775X-RAY DIFFRACTION98.78
4.19-4.280.30851970.24683821X-RAY DIFFRACTION99.75
4.28-4.380.29691960.24413835X-RAY DIFFRACTION99.68
4.38-4.490.28811850.22923855X-RAY DIFFRACTION99.78
4.49-4.610.24141770.21113824X-RAY DIFFRACTION99.65
4.61-4.750.23462100.20183830X-RAY DIFFRACTION99.8
4.75-4.90.24572140.2093843X-RAY DIFFRACTION99.78
4.9-5.080.27912180.21393815X-RAY DIFFRACTION99.24
5.08-5.280.26962500.21773744X-RAY DIFFRACTION98.3
5.28-5.520.27962110.22363855X-RAY DIFFRACTION99.75
5.52-5.810.28541830.22123873X-RAY DIFFRACTION99.68
5.81-6.170.28081580.22913935X-RAY DIFFRACTION99.8
6.17-6.650.28661960.2313876X-RAY DIFFRACTION99.63
6.65-7.320.27722340.22163806X-RAY DIFFRACTION97.82
7.32-8.370.2742100.2093943X-RAY DIFFRACTION99.83
8.37-10.530.19461990.14863883X-RAY DIFFRACTION97.7
10.53-49.110.21752270.18414055X-RAY DIFFRACTION97.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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